Basic Information

Symbol
hsa_AFF1_0001700
RNA Class
transcript (circRNA)
Alias
hsa-AFF1_0114
Host gene
AFF1
Type of circRNA
Intron-Intron
Location (GRCh37)
4:87902296-87905055 UCSC (hg19)
Location (GRCh38)
4:86981144-86983903 UCSC (hg38)
External Database

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1144.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1189.48 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 387.75
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((...))).)))).((.((.((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((.((((((.((((.((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.......)))))))...(((((.(((((((((.(.((((...))))).))))))))).)))))..........(((.(((...((((.((((.(((.(((((((((((((((.((((((.((((((((((((((.((((((((((((((((((((.((((.((((((((((((..((((((.((((((((..((((((((((((((((((((.(((((((.(((((((.((((((....(((((((((((.(((...((((((((((((((((((((((((.((((.((((((((..(((((((((((((((((((.(((((((.((((((((((((((((..(((((..((((((((((((((((((((.((((((......((((((((.........((((((..((((((..((((.((.((((((((...............(((((((........(((((...........)))))..((((((((((..((((((((((((((..(((((((............(((((.....(((((((.....((.......((((((((..(((.(((((((((....)))))))))...))).....((((((((..(((((((((.(((......))).))).))))))....)).))))))..((((((....))))))...(((....))).))))))))....))....)))))))...)))))............)))))))(((((((....(((.((((....)))).)))....))).............))))..)))))((.....(((((((....)))))))....))......(((((((((.((..(((.(((.((((((((....((((......))))..............))))))))...(((((((...........)))))))..........((((((((...........))))))))((((......))))..(((((((((..((...))..)))))))))..........))).))).)))))))))))......))))))))).)))).))))))))))))).........((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((......))))((((((((((.....(((.............((((......))))..((((((((.((....((((((((...)))))))).(.(((((...((((((((((...))))))))))....))))).)((((..............))))(((((......))))))))))))))).))).....))))))))))..((((.(((((((..(((..(((((((((.((((...)))).....((((((.((((...........................)))).))))))...........((((.....)))))))))).)))..))).....)))).)))))))((((((((..(((((((.((((....)).))))))))))))).)))).((.((((((((...)))))))).))...))))))))))))))))))))))))))))))).)))).......)))))))))).))))...((((((.(.(.(((((((......)))))).).)).))))))((((((((((.((((((((..(((((..(((((((....)).)))))....)))))..((((((.......))))))..))))).)))..))))))))))..............))))))...))))))((((((..........)))))).)))))))).......)))))).)))))))))))))))))))).)))))(((.((((((......((((........))))......)))))))))........................................(((((((((((.((((.((....)).))))...))))))..))))))))))..))))))....))).))))))))))))))))))))))))))))..)))))))).)))).))))))))))))))))))))))))..))).)))))))))))....)))))).)))))))))))))).))))))))))))))))))))..))))))))...).)))))..)))))))))))).)))).)))))))))))))))))))).)))))))))).)))).)))))).)))))).))))))))).))).))))))))...)))))).................((((((...((.(((.((.((......((((((...))))))...)).)).)))))((((((((((((..((((.......))))..)))))))).)))).(((((((.(((((((.....))))))).).............................(((((........)))))..))))))((((((.....))).)))...))))))....)))))))).))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).)))).)))))).))).)))))))))))))))))))))))))))))..)).)).))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((...))).)))).((.((.((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((.((((((.((((.((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((({.......}})))}|{..(((((.(((((((((,(,(({{..,)))}}.))))))))).)))))..,...,{{.{{,,{{{.,.((((.(((({(((.(((((((((((((((.((((((.((((((((((((((.((((((((((((((((((((.((((.((((((((((((..((((({.((((((((..((((((((((((((((((((.(((((({,(((((((.((((((....(((((((((((.(((.,,((((((((((((((((((((((((.((((.((((((((..(((((((((((((((((((.(((((({,((((((((((((((((..(((((..((((((((((((((((((((.((((((......((((((((........,((((((..((((((..((((.{.{((((((((....{....,..,,.({(((((,....,,,|||{|...........}}|}|..((((((((((..((((((((((((({..(((((((.,..........(((((.....(((((((.....({.......((((((((..(((.(((((((((....)))))))))...))).....((((((((..(((((((((.(((......))).)))},)))))....)),})))))..((((((....))))))...{((....))}.))))))))....,,....)))))))...)))))............))))))){{{((((....{((.((((....)}}).))}.,..}}}..,..........}))}..))))),,.....(((((((....)))))))...,||..,{,.((((((({{{((..(({.(((.((((((((....((((......)))),,.......},...)))))))}...(((((((...,.....,,))))))).|||||,.{{((((((((...........)))))))}||||,,,,,,)),...(((((((((..({...})..)))))))))..........}}}.})).))))))))))).,....))))))))).})}))))))))}}))))).,.},,...((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((......)))}((((((((((.....(((.(((({..,....,,||.....(({{,,{({|,|{{,,(|.,,.((((((((...)))))))),|.|||||...((((((((((...))))))))))..}}),))),.((((..............)))),((((,,,...}})))}}).,))))).))).....))))))))))..((((.(((((((.{(((..(((((((((.((({...}))).....((((((.((((....,,,,..........,,,,.....)))).))))))...........((((.....)))))))))).)))..}}),,.,.))))},))))))((((((((..(((((((.((((....)).))))))))))))).)))){((.((((((((...))))))))}))..,))))))))))))))))))))))))))))))).))))....,,.)))))))))}.))))...((((((,(.(.(((((((......)))))).).},}))))))((((((((((.{{(({{({{,{{{(({..(((((,...,||.}}}}|,.,,},}||{{{,,..,}}}},..))))},.})))))}})),.)))))))))).{{,,...,}}}..))))))...))))))|(((((..........)))))}.)))))))).....,.)))))).)))))))))))))))))))).)))))((,{(((((({.,{..,((({....}}}),)},,..}.))))))))).......{{.{,.....,,,,...................{{{{,((((((.((((.((....}).))))...))))))..})))))))))..)))))),...})).))))))))))))))))))))))))))))..)))))))).)))).)))))))))))))))))))))))),.))).)))))))))))....)))))).)))))))))))))).))))))))))))))))))))..))))))))..,).)))))..)))))))))))).)))).)))))))))))))))))))).)))))))))),,))).)))))).)))))))))))))))),))).}))})))).,.,}})))..,,.............((((((.,,((.(((.((.((......((((((...)))))),,,)),)).)))))((((((((((((..((((.......))))..)))))))).)))).(((((({.(((((((.....))))))),,...,{......,.................{{{{{........))))),.))))))((((((.....)))},)).,,))))))..,})))))))).))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).)))).)))))).))).)))))))))))))))))))))))))))))..)).)).))
Forensic Context

No forensic context available.