Basic Information
Symbol
hsa_AFF1_0002100
RNA Class
transcript (circRNA)
Alias
hsa-AFF1_0163
Host gene
AFF1
Type of circRNA
Intron-Intron
Location (GRCh37)
4:87923839-87924622
UCSC (hg19)
Location (GRCh38)
4:87002687-87003470
UCSC (hg38)
External Database
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-224.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-237.30 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
139.85
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((......)))))((((((((((((((.((..((((((((...(((((.(((.......))))))))....))))))))(((((.((.(((((((((((((((...((((((((((((((((((....).)))))....)))))))))))))))))).....((((.(((((.((((....)))).))))).))))........((((((((.....((((((((((((.(((.......))).))))))...))))))..((((...))))))))))))(((.((((.((((((((.(((.(((((((((.....))))))))).(((((((......))))))).................)))...)))))))).))))..)))......))))...............(((((((((.....))))).))))......(((((((((((((((((........................((((......((((((((((((.........))))))....)))))).....))))))))))))(((((.....)))))..........................)))))))))..))))).)))))))......(((((.(((..(((.(((....))).))).))).)))))...((((((((((((...((((.....))))...)))))......(((((.((........)).)))))..........(((((((....)))))))))))))).)).))))))))).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((......)))))((((((((((((((.((..((((((((...(((((.(((.......))))))))....))))))))(((((.((.(((((,(((,((((({{{((((((((((((((((((....}.))))),...)))))))))|||||,,,,.....((((.(((((.((((....)))).))))).)))).......{(((..,,|}},..(((((....)))))}}}},...})))})))))).))),|,,,.{((((......)))))}})}(((.((((.((((((((..,({((((((({{.....)})}}}}},.{((((((......))))))}.............,,,,,,,...)))))))).))))..}))......,|||....,,}.....,{{(((,,,,,,..}}})))}}.}}}}......(((((((((((((((((.{,,....,{,,.,,.......,{((((.,,...||,,||||||||}},,,....}}}}||....}}},)),....}),.)))))))){((((.....)))}}.,,,.....,................}))))))))..))))).)))))))......(((((.(((..(((.(((....))).))).))).)))))...((((((((((((.,.((((.....)))).,.)))))....,.(((((.((........)).))))).,,.......(((((((....)))))))))))))).)).)))))))))}})))).
Forensic Context
No forensic context available.