Basic Information

Symbol
hsa_AFF1_0011000
RNA Class
transcript (circRNA)
Alias
hsa-AFF1_0150
Host gene
AFF1
Type of circRNA
Exon-Exon
Location (GRCh37)
4:88026780-88053016 UCSC (hg19)
Location (GRCh38)
4:87105628-87131864 UCSC (hg38)
External Database

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-604.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -636.42 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 353.15
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((.((((.....))))))).((..(((((((((((.((.(((.(((...........(((.((.....)).)))....((((......))))..))).))).))))).......((((((((.((((.........)))).((((((...........)))))).....((((.((.......))))))(((((..(((..(((((((..(((...((((((...............((((((((((....).))))...............((((((((....(((((((((....)))))))))))))))))(((.......)))....))))).....(((((...)).)))......((((((((((((..........))))..((.((((((...)))))).)).........(((((((....(((((.((...(((...((((.....)))).......((.....)).....((((((......)).)))))))...)).)))))........((((...(((((((...........)))...((((((((..(((....)))..)))))))).))))....))))..)))))))..(((((((((((......)))..)))))))).......(((((.....(((..((((....(((.(((...((((.((((..((((.((.....))...........((((((.((((....(((....)))........))))....(((.(.(((((((.........((((...((((((.......((.....))....(((((.(((..(((.((((((((.((((((..((((((.(((((((....((((.(((((((......))))..((((((((..........))))))))...))).))))))).)))).))))))..))))))..................((((((.((......))))))))..))))))))....)))))).)))))..)))))).(((((...)))))......((((((((((((.(.((((..(((...)))..))))).)))..))))...))))).........))))....))))))).).)))....((((....))))(((((.....)))))......))))))...........(((((((((.(..(((((((((((((..........((........))..........))))))))).))))..)))))))))).......(((....)))........))))....)))).))))....))).))).....))...(((((.((..(((((..(((((...((..((((........(((..((((.........))))...))))))).)).)))))..)))))..))...........((((.....))))...)))))....((((((((....(((((..(((((((((.(((..(((((((((...(((...((((..(((((......)))))...))))...)))....)))))))))..))))))))))))....((((........))))))))).(((((.((((((((((.(.........))))).)))))).)))))..(((((.................(((...(((((((.((((((((.......((((((((......)))))))).)))))))).))))))).)))....)))))..))))))))...))..)))....)))))..))))))))((((((.........))))))))))))...)))....)))))))..)))..))))).)))))))).......................))))))))...))
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((.((((.....))))))).({..(((((((((((.{(.(((.(((...........(((.,,.....}}.}}}....((((......))))..))).))),}}))).......((((((((.((((.........)))).((((((...........)))))).....((({{((.......))))))(((((..(((..(((((((..(((...((((((,{,..(({{{(((..((((((((((((((((((...............,}((((((((....(((((((((....))))))))))))))))).......(((((((..,((,({.(((((((((..(((((((..,.,{(((({..(((({(,,{,{...{{||..,..,,|.((({.,,{((,.......})),.}|||,,,,....(((((.((...(((...{(((,....,,,}..,,,}.{,.....)).....((((((......)).)))))))...)).))))){{{{....((((...{{((((,.......}},,||,...((((((((..(((....)))..)))))))).,}))....))))..,}))))..{(((((((.,(((((((((||{.,(({{,,,..,......|||,....,...,}||..,)),,..,.,....{{,.{{,,..(((|{((.((..((...........))..)).)))))),,{||,...},,..)}})}})).)..}.)))))))..)))))),}},,..})}}}}}|(((((.......((.....))....(((((.(({.{(((.((((((((.((((((..((((((.(((((((....((((.(((((((......))))..((((((((........,.))))))))...))).)))))))}}))).))))))..))))))..................((((((.((......))))))))..))))))))....)))))).)))))..))))),.(((((...)))))......((((((((((((.,.((((..(((...)))..))))..)))..)))),..}))))..........))))}}})..)))..........))))))((((((.(((((.....)))))..{{......))........,..(((((((((..(,(((((((((((((..........((......,,,,..........))))))))).)))))..)))))))))..,........))))))........}}})),,.))))))).....,.((((......))))..||,((,((..(((((..(((((...{{,.((((....,.,.{{{..((((........,))))...))))))).)).)))))..)))))..||,..,||,....((((.....))))...}})}..,|.,..(((((((,...........}.))))))).}.))))}.)))))},))..)))))..)))))....)))))))...)).,...((((..{{{.((({....((((((,.(((((...,|||},,{{{..,,,))))...(((((.((((((((((.{.........})))),,))))).))))))))))),,}),)},...))))...(({...(((((((.((((((({.......((((((((......)))))))).}))))))).))))))).))){{....,)}{((((((,,{,{{{{..,.,......,,},)}}}))))))|((((.........)))),.))))))...)))....)))))))..)))..))))).)))))))).......................))))))))...))
Forensic Context

No forensic context available.