Basic Information

Symbol
hsa_AFF1_0011300
RNA Class
transcript (circRNA)
Alias
hsa-AFF1_0157
Host gene
AFF1
Type of circRNA
Intron-Intron
Location (GRCh37)
4:88026998-88028040 UCSC (hg19)
Location (GRCh38)
4:87105846-87106888 UCSC (hg38)
External Database

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-302.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -322.33 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 212.96
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((((((.((((((((((((...........(((((((.((....)))))))))....(((...(((((.(((((.(((........))).))))).))))))))...........(((((((((((.............))..(((((..((((((((((((..........))))))....((....)).....((((((((....((((......))))....))))......))))(((((((((((((......))))).))))))))((((((....))))))))))))..))))).((((......))))(((((((((((((.((..(.((((...)))).)....)))))))......................((((((((((((.((.((((.(((((....)))))..)))).))((((.(((.((..((((((..(((((((...(((((..(((((((.((.........)))))))))))))).)))))))....))))))..))))).)))).(((((((((((..........(((((((((......((.(((((.((((.(..((((...))))..).))))))))).)).....)))))))))((((((((((.((...(((...........))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))......(((((.(((..(((((((.((((..(((((((((..(((...)))..))))))(((((((((((((.(((.............)))..))))))....)))))))..)))..))))...)))))))))))))))...)))))))).......)))))))))((((((...))))))...(((((.....((((((((.(..((((((.....(((.(((((..((.((......))))..)))))..))))))))))))))))))...)))))...)).)))))...))).)).))))))))))((((...((((......))))...))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{.,,,,((((((((((((.((((((((({....,,,,,,.{{(((({.((....))})))))}...,|,{..,(((((.(((((.(((........))).))))).))))))|}......,,,,,(((((((((...((((,{((((((.((((.((((((((.,{((((((..........)))))).{,,({{{..|},,,..,(((((((,,,,({{{......)))),...))))......}}}}(((((((((((((......))))).))))))))((((({....})))))}}|||||||||||.,.(({{{,,.(((((((.(((...}}}...)))))))..,,.)))})...,|||||,},{{{{,...........,,||.((((((((((((.((.((((.(((((....)))))..)))).))((((.({((((..((((((..(((((((...(((((..(((((((.((,,....,,.)))))))))))))).)))))))....))))))..))))).)))).(((((((((((..........(((((((((......((.(((((.((((.(..((({...})))..).))))))))).)).....)))))))))((((((((((.((...(((...........))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))......|||,,.,((({....}}}}.,|}},|}.((((((..(({...}))..)))))){(((((({{{(((.(((.....,,......)))..))))))....))))))),.)))))))).}))).))))))))))),,...|,,,}}}},,,,,..})))))))}((((((...))))))...(((((.....((((((((,(..{(((((.,...(((.(((((,,((.,,......))),,.)))))..})))))))}})))))))).,.)))))...)),}))))...))).)))))))})))))||||,,.((((...,,,,,,),,.})))}.,
Forensic Context

No forensic context available.