Basic Information

Symbol
hsa_HIF1A_0004100
RNA Class
transcript (circRNA)
Alias
hsa-HIF1A_0052
Host gene
HIF1A
Type of circRNA
Intron-Exon-Intron
Location (GRCh37)
14:62188457-62190948 UCSC (hg19)
Location (GRCh38)
14:61721739-61724230 UCSC (hg38)
External Database

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-595.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -646.64 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 809.35
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..(((.(((...((((((((((.(((........((((.((.((((....((((((.(((....(((((.((......))))))).....))).))))))......))).).)).))))........))).)))))).))))))).))))))))(((((...........(((((((((...((((((.(((((........(((((...((((((....(((((((......))))))).))))))..)))))(((.(((((((......((((((....))))))(((((((((((.((((((((((((((....(((.((((((((((((((....))))))))).............((.(((((..(((((......((((.(((.((((((((((((.......))).))))))..))).)..)))))).....)))))..).)))).))............(((((((((..(((......)))........))))))))).................((.(((((...)))))))...(((.....)))))))).))).((((((((((((.((((((((..(((..............)))..)))))....))).))))))..((.((((((((((((((...((((((.........(((((((((((((((((((((..((.....(((((..(((.....)))))))))).)))).)))))(((((((...............))))))).....(((....)))((((....))))((((((((((..(((((((.........((((.(((((....((((....(((((((((..((((((((((((((..(((.....((......)).....)))))))))))..........(((((((....)))))))............(((((((((((((....(((....((((........)))))))...))))))))....)))))......(((((....)))))..(((((((..((((((((((((((...((((((....))))))..............(((((.((((((((....))))))).....).)))))..............))))...))).))))))).))))))).((((((((((((..............(((((((...........)))))))((((((.((.(((((...........)))))..))))))))...................))))))))))))..((....))((((((((........)))))))).((....))......))))))..)))))))))..))))...))))).........(((.((....)).)))...........(((((((((((..(((.....))).....))))))))))).........................(((((....(((......)))...))))).))))(((((...)))))...))))))).....))))))))))........(((((.......)))))......)))))..)))))))..........))))))..)))))..((((((((...)))))))).((((......))))..............))))))))))).....))))))....(((((((((...((........)).)))))))))))))))).)))).)))..))))))))))).((((((.(((((......((((.......((((((.((((........((((.(.(((((....((..(((((.....)))))....)).....))))).).)))))))).)))))).....))))))))).))))))....))))))).))))))))..)))))).(((((....((.((((((((((((((.......(((((...((((((....(((..(.((((((((..(((((..(((((((((...((...((((((((((.((((((((....)))))))))))))))))).))))))))))).)))))..)))).)))).)..))).............((((((.(((((((.....(((((((((((((((..(((((((...)))))))....))))))....((((((.(.(((....))))))))))......(((((((((.....(((((((.((((((((...))))))))....))))))).........))))))))).........((((((((((((.......))))))))))))................((((((.(((((((...)))))))..))))))....))))))))).....))))))).)))))).........(((((((....)))))))....))))))...)))))))))))))...........)))))).))....)))))...)))))))))......)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{({({,..,{(((....}}|{((((..((((((.((((((({((,...}}}}.}}|.|)))).|)))}.|..))))}}.....,{{{{{{{,,{{{{|{{{{{{{,,||{{{{,,|{|||{{{{{{{,{,,,{.,,,,,,|||,,,||,..|{{|||||(((((({.{{(.....,,.||||||}}}{((......|}}}}}}}}|||{{{{...{(((({,...(((((((......))))))).}))))},,||}}||}...((((((.((((((......)))))).)))))){{{{{,{{|{{{,,{(({{{{{{,,,,|,,{,,.{{(((((({(....}})))))}}},,{,,,..|{{{{(({((((,,{.(({{{,..{{{,.,(({,{{{{|(((({(|,,.{{{((((,,..{|{({.,,{{,.{,({(((.{{.,,,}}...})))}.|,|,}}|....,{,(((((((((..{{{......||}.......}))))))))}.,,..............{{.(((((...))))),}...}}}}},,,}})))|},,}}..}}}}}}{||||,,|||{{{((..(((,,,{({,{.,|...|||,{||||,....|||.||||||((((.(((..((((((........(((({.((..........,.)).}))))........))}..)))..))))))}...........(((,,{....)}))),,,||||}}}}}}}}}}},.{,|||||,|...,,|||,,{,,||((({....})))|}.||,,.....,,,...,,,||....,}},..{{{{{....{{{{....{((((((({..({{((({{,,{{{.{{{{{.,,,{{{||,||,|{{,|.,}},},}}.,)))}).......(((((((....)))))))..,.....,,}}|,,|||,,|||||}|,.,||,,{.((((........)))),)||{{||,,||||,...,,,,.......(((((....)))))..{{{{{{,...,{{{(|||.,,}})))|(((((....)))))}.|||||,...,}||{{{((,{(((((({....})))))),,.....))))),.,},..,,.,},))))}..}}}}}},{{{.,,{|||,,,.((((((((((((....,,........{((((((.,,........))))))|((((((.{{.(((((...........)))))..}})))))),.....,,,..........)))))))))))).,{{....}}|(((((((........)))))))}..,|}}|)}|},,..))))))..))))})))).,)))).,,))))}......,,.(((,((,,,,|}.}}}..,,,,,,,,.(((((((((((..(((.....))).....))))))))))}.....,,,,,.{{,,,,{,,,,,,.{|||{....{{{....}})})...))))},||||{|||,...},,,.,}}},,,,,,..|||||}||||||},,,,,,,|||||,.....{||||{|{||.,,.,||},,}})}}.,..})))))).})).||,|}})}||,{||||||{.,,)))}}}},.{{({......|}}},,}}},,.}}}}}((((.(((((({{{..{(((....)))).}}}},}))))).)))).,(((((((..((((((({..,,,.,,,.{(((...(((((.{{..((((((.(((((......(((({{{....,,}}}|}||,,,,,,,,..,.,..{{(,...}}}.,,.,|||||,},,,)),,,(((((..,{{{{...{(((......))))},,,)}}}})))).))))).))))))..}})))))...)))}.|||{{{{{{{{{,{{.({(..,{.....,{||,}}|,||}}}})})),,)))))))))}})}..)))))))|.,,||},,|||}}}}|{{{(((((...,{,,.((((((((((.((((((((....)))))))))))))))))),)))))))))))})},}},,})))})),..||||}}..}))}}......{{((((.(((((((.....((((((((({{{{,{,|{{{{{{|,..}}}))))..,,))}|||{{,,{({(({.{.(((,,..}}}|}}|}}|{{{,..(((((((((,.,,.(((((((.((((((((...))))))))....))))))).,,,...,.)))))))))..,},,...((((((((((((.......)))))))))))).........,,,,.,.{(({{{,{{(({({,,,,}}})))..)))))),},,))))))))).....))))))).)))))}.........,{{((({....))))))),,.,,)}))),,})}}))})}|,||{{....,,..)})),}.|{{..{{{{.......},,,)))),.}}},}))}}}
Forensic Context

No forensic context available.