Basic Information

Symbol
hsa_AFF1_0002600
RNA Class
transcript (circRNA)
Alias
hsa_circ_0070376 hsa_circAFF1_004
Host gene
AFF1
Type of circRNA
Exon-Exon
Location (GRCh37)
4:87928153-88026997 UCSC (hg19)
Location (GRCh38)
4:87007001-87105845 UCSC (hg38)
External Database

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-586.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -614.54 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 276.43
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((.((...(.((..(((((((((((((.(((((...)))))((..((((((((((((((((((...((((((((((.(((((.......(((((...)))))......(((((((...((..(.((((((.((((((((((.((((..(((.....)))..))))(((((....(((((...((((....))))...)).).))......)))))))))))))))..)))))).)..)).)))))))((((.(((((((.((((((......))))))((((.((.((((....)))).)).))))..((((....)))).(((.(((.(((....))).))))))(((((.....((((...)).))....))))).((((((((((......)))))).))))..((((.((....))..)))).......)))))))))))......)))))))))))......))))...)))).....(((((((.(((.(((((.((((((......))))))))))))))))((.(((((((............))))))).))....(((((((((((((((((.....(((.((.(((...(((...((((....)))).))).))))).)))..((((((((...........((((((((..................))))))))..(((((((.............))))))).(((....)))..........(((((..(.((....)).)..))))).......(((.(((.......))))))...(((((..((((..((((.(((.((.......((((.((((((.(((.....(((((((....)))..))))..)))(((((((.(((....))).)))))))......((((((((.((((((........))))))...)))))))).))))))...)).))...(((((((((...(((...((((((((((....)))))....)))))..)))...............)))))))))....((((((...(((.((.((((((....((((((((((........((((..((((((..(((.....(((...((((.......))))........(((((..((.((.((((.(((((........(((....)))..........((((((.........)))))).......................................((((((...)))))).(((((...)))))...((((((....((.((((..((.(((((..............))))).))...))))))))))))))))).)).)).))))..))))).........)))......))))))))).))))..(((((.(..(((((.((.....)))))))..).)))))..................))).))))))))))))).)))))..)).))))...))))).))))))))..))))).((((..(((.........)))..)))))).))))))....((((((......)))))).)))))))))))....))))))....................(((.......)))..............)))))...............))))))))))))))..))....))))))))))))))).)...)).)))))............(((..((..............))..)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{......,,,{,}|(..,.{{,,((((((((((((((.(((((...)))))((..((((((((((((((((((...(((((((((({(((((.......(((((...)))))......(((((((...((..(.((((((.((((((((((.((((..{{(,....}))..)))}(((((..,{(({((...((((....))))...)}.).))......)))))))))))))))..)))))).)..)).)))))))(((({(((((((.((((((......))))))((((.((.((((....)))).)).))))..((((....)))).(((.(((.(((....))).))))))(((((.....(({{...,).))....))))).((((((((((......)))))).))))..((({.((,...,,..}))),,,....)))))))))))......)))))))))))......))))...)))).....((({,{(.(((.(((((.((((((......))))))))))))))}}{(.(((((((............))))))).)}....(((((((((((((((((.....(((.(,{(((...(((...((((....)))).))).))))).)))..((((((((.{{,....,,|((((((((....{{.......,,...))))))))..,((((({,,,..........)))}))),|,,...{((({{{{..{,,{({{,,..,.{....,)).)}.))))}.,,,...{{{{(((.......))))},...(((((..((((..((((.(((.{(.......((((.((((((.,,(.....(((((((,,..}}),.}})),.}}.(((((((.(((....))).)))))))....|,((((((((.((((((........))))))...)))))))),))))))...)).))...(((((((((...(((...((((((((((....)))))}...}))))..))).......,.......)))))))))....{{((((...(((.((.((((((....((((((((((....,{.,((((,.((((((..(((,,..,,{,...{{{|,,,}}..,))}........||{||,,||.||.((((.(((((........(((....)))......{,,,((((((.........)))))).....,}},..............................((((((...)))))).(((((...)))))...((((((....((.((((,.((.(((((..............))))).))...})))))))))))))))).)),}}.||||.{||||},,.........}}.,,}}}),))))},.,},,..(((((.(..(((({{((.....)))))))..).)))))..............}...))).))))))))))))).)))))..)))},))...}}))).))))))))..))))).((((..(((.........)))..)))))),}))))).,..((((((......)))))).))))))))))}...,))))))....................{((.......}}}..............}}}}}.....||,.......))))))))))))))..))....))))))))))))|||,||,.||.}}}||,...........(((..{,.,...,,}}},,..)),,.,}...)
Forensic Context

No forensic context available.