Basic Information

Symbol
hsa_AFF1_0003800
RNA Class
transcript (circRNA)
Alias
hsa-AFF1_0079
Host gene
AFF1
Type of circRNA
Intron-Intron
Location (GRCh37)
4:87957341-87958856 UCSC (hg19)
Location (GRCh38)
4:87036189-87037704 UCSC (hg38)
External Database

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-410.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -440.14 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 337.01
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.((..((((..(((....((.(((((((((..(((((((((..(((((.((((.......((((((((..((((.(((..((((((((((((...))))))).............(((((((...........)))))))...............((((((((((((..((.....(((((..((((((((((((.....(((((((((......))))))))).....)))))).))))))...........(((((((..........)))))))))))).....))..))))))))))))((.(((.(.(((((..((((.((((...(((......))))))).)))).))))))))).))..)))))))))))).....((((((..........))))))......((((((((((.((...............))))))))))))........((((((((.(((((...))))))))))))).((((..((((((((....)).))))))..))))........((((..........))))))))))))(((((((((...)))))))))..)))))))))..)))))))))..))))))))))).....)))..))))...((((..........................)))).(((.....)))..(((((((((((.(((((.((((((..(.(((((((.....)).......((((...))))....((((..(.((((((((.(((((((((....)))))).....((.(((((((.....((..((.((((((.(((((((((.....)))))...)))).)))))))).))...(((((...))))).((.(((((.....(((((.(((((((((((((....)).)))).))).)))).)))))........(((((((..(((.(...(((((.((((.((....)))))).)))))......((((((((......(((((.(((((.....(((.....)))..))))))))))...))))))))...).)))..))))))).........................))))).))..((((((((.(((((((((....((((((...............((((..(((((.((..(((((((.(((((((((((((.((.......))))))))))..)))))...))))))).)))))))..)))).....)))))).)))))))))))))))))..))))))).)).((......)).(((....))).......))).)))))))))..))))........))))))..)))))).))))).).)))).)))))).....(((...(((((.((((((.(((((((...(((..........))).))))))).))..)))).)))))...))).....)).)((((((((..(((((((..((((..............))))..))))))).....))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(.,{,{((((..(({..,.{{.(((((((((..(((((((((..(((((.((((.......((((((((..((({{(((..((((((((((((...)))))))......,,.....(((((((...........)))))))...............((((((((((((..{,.....(((((,,((((((((((((.....(((((((((......))))))))).....)))))).))))},...,,,.....(((((((..........}))))))})))).....,}..))))))))))))((,{((.(.(((((..((((.((((...(((......))))))).)))).)))))))))}),..)))))))))))}.....((((((.,.......,))))))......((((((((((.{{...............)}))))))))))........{((((((({(,,,({..|||||,,,,,)))}|,,|,.((((((((....)).)))))).}))))}}},....((((..........))))))))))))(((((((((...))))))))),.}))))))))..)))))))))..)))))))))}).,...))),})))}.,,{{,,..........................)))}.(((.....||,..((((((((({(,(((({,((((({,,(.({{{{{,.,{|,,..,,,.,,||||,.,))}),,..||||..{.((((((((.((({(((({....)))))).....((.(((((((......((((((((((({.(((((((((.....)))))..,)))).})))},...{{,..(((((...))))),||{{{({{.....(((((.{((((((((((((....}}})))).))).)))}.)))))........{||{,{{..,,,.....(((((.((({,((....)))))).)))))......((((((((......(((((.(((({.....(((.....))).,))))))))))...))))))))...,.|,,..}}}}}},...........,,,,,,,,..{{{{....(({.,,{,,,,{{{.|,,,..})),)))}))|}}}.,.})}},|||,..((((..(((((.((..(((((((.(((((((((((((.((.......))))))))))..)))))...))))))).)))))))..)))).,,.|}}}..}})))),))))))))..,...))))))).)).{{......)).{{,....}}).......))},)))))))))..|||}.,.,,..|||||||..|||}}|.}}}}}.).}}))}})}}}}..}},{||,..{((((.(({{((,(((((((...{{(,.......,.))).))))))).},}})))).))))}...))),,...,,.)((((((((..{((((({..{{{,..,,{,..,,|,..,))),,))))))).....))))))))
Forensic Context

No forensic context available.