Basic Information

Symbol
CNIH3
RNA class
mRNA
Alias
Cornichon Family AMPA Receptor Auxiliary Protein 3 CNIH-3 Protein Cornichon Homolog 3 FLJ38993 Cornichon Homolog 3 (Drosophila) Cornichon Homolog 3
Location (GRCh38)
1:224434660-224740559
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_152495.2
Sequence length
2539.0 nt
GC content
0.5416

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-963.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1007.27 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 697.60
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001322302.2 NCBI
ACUUCCGGUGGCAGGUAUGGAACCUAUAGGGGGCCUGUCACCCAGCACG… 2005 nt 0.5052
NM_001322303.2 NCBI
ACUUCCGGUGGCAGGUAUGGAACCUAUAGGGGGCCUGUCACCCAGCACG… 1939 nt 0.5085
NM_001322304.2 NCBI
ACUUCCGGUGGCAGGUAUGGAACCUAUAGGGGGCCUGUCACCCAGCACG… 2083 nt 0.5108
NM_001322305.2 NCBI
GCAGUGGCAAAGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCGGCAGCAGCAGGUG… 2491 nt 0.5415
NM_152495.2 NCBI
GCAGUGGCAAAGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCGGCAGCAGCAGGUG… 2539 nt 0.5416
Summary

Predicted to enable channel regulator activity and signaling receptor binding activity. Involved in regulation of AMPA receptor activity. Predicted to be located in dendritic shaft and postsynaptic membrane. Predicted to be part of AMPA glutamate receptor complex. Predicted to be active in dendrite and glutamatergic synapse. [provided by Alliance of Genome Resources, Apr 2025]

Forensic Context

A study in postmortem human brain tissue demonstrated that the CNIH3 is involved in glutamatergic AMPA receptor signaling and has been implicated in opioid use disorder [Mendez et al. DOI:10.1038/s41380-021-01259-y].