Basic Information

Symbol
CNP
RNA class
mRNA
Alias
2'''',3''''-Cyclic Nucleotide 3'''' Phosphodiesterase 2'',3''-Cyclic Nucleotide 3'' Phosphodiesterase 2',3'-Cyclic-Nucleotide 3'-Phosphodiesterase 2',3'-Cyclic Nucleotide 3' Phosphodiesterase EC 3.1.4.37 CNPase CN37 2', 3' Cyclic Nucleotide 3' Phosphohydrolase HLD20 CNP1
Location (GRCh38)
17:41966763-41977740
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden death from CNS diseases Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_033133.5
Sequence length
5172.0 nt
GC content
0.5443

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1977.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2069.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1223.60
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001330216.2 NCBI
AGGCUCCUGGCGCGCCCCGCAUGCCUCCAGCACGUUUACCUUUCCGAAG… 5236 nt 0.5418
NM_033133.5 NCBI
ACCGCUGGACUCCCGUGUCCCUCCGCGCAGGCGGGCGGCCCCGGAGCGC… 5172 nt 0.5443
Summary

Predicted to enable 2' , 3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity. Involved in substantia nigra development. Located in cytoplasm; extracellular space; and microtubule. Implicated in hypomyelinating leukodystrophy 20; multiple sclerosis; and schizophrenia. Biomarker of alcoholic liver cirrhosis; multiple sclerosis; and restless legs syndrome. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CNP mRNA levels were not altered after traumatic brain injury, serving as an oligodendrocyte-specific control transcript to validate the specificity of the astrocytic vimentin response [Ekmark-Lewén et al. DOI:10.3233/RNN-2010-0529]. In a rat model of spinal cord injury, the CNP protein was used as an oligodendrocyte marker, where it colocalized with PSD-95 in oligodendrocytes after injury [Cheng et al. DOI:10.1111/j.1365-2990.2007.00917.x].