Basic Information

Symbol
CNR1
RNA class
mRNA
Alias
Cannabinoid Receptor 1 CANN6 CB-R CB1 CB1K5 CB1A CNR Cannabinoid Receptor 1 (Brain) Central Cannabinoid Receptor CB1R
Location (GRCh38)
6:88139863-88167364
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016083.6
Sequence length
6019.0 nt
GC content
0.4386

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1809.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1927.11 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1747.08
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001160226.3 NCBI
AGAGACAGCGCGAGCGGAGGGAGCGGCAGGGACUGCGCGAGCGGGACGA… 6162 nt 0.4396
NM_001160258.3 NCBI
AGAGACAGCGCGAGCGGAGGGAGCGGCAGGGACUGCGCGAGCGGGACGA… 6200 nt 0.4408
NM_001160259.3 NCBI
AGAGACAGCGCGAGCGGAGGGAGCGGCAGGGACUGCGCGAGCGGGACGA… 6075 nt 0.4398
NM_001365869.2 NCBI
AGAGACAGCGCGAGCGGAGGGAGCGGCAGGGACUGCGCGAGCGGGACGA… 6057 nt 0.4398
NM_001365870.2 NCBI
AGAGACAGCGCGAGCGGAGGGAGCGGCAGGGACUGCGCGAGCGGGACGA… 6210 nt 0.4404
NM_001365872.2 NCBI
AGAGACAGCGCGAGCGGAGGGAGCGGCAGGGACUGCGCGAGCGGGACGA… 6406 nt 0.4397
NM_001365874.3 NCBI
CAGUUGCAUAAAGAACAUAGAUGAGAGCUUUCAUUCCCUGCUGAAAAGG… 5542 nt 0.4092
NM_001370545.1 NCBI
AUCCGGGAGCACAGCGAGGUCAUGGCAGCGGGGGCCUCCGGGAGCGCGG… 5551 nt 0.4129
NM_001370546.1 NCBI
AGACGGCGGCUGAUAGUGGAAACAAUUAACGAGCAUGUCCCCUAAUUCC… 5634 nt 0.4164
NM_001370547.1 NCBI
AGACGGCGGCUGAUAGUGGAAACAAUUAACGAGCAUGUCCCCUAAUUCC… 5863 nt 0.4204
Showing 1 to 10 of 17 entries
Summary

This gene encodes one of two cannabinoid receptors. The cannabinoids, principally delta-9-tetrahydrocannabinol and synthetic analogs, are psychoactive ingredients of marijuana. The cannabinoid receptors are members of the guanine-nucleotide-binding protein (G-protein) coupled receptor family, which inhibit adenylate cyclase activity in a dose-dependent, stereoselective and pertussis toxin-sensitive manner. The two receptors have been found to be involved in the cannabinoid-induced CNS effects (including alterations in mood and cognition) experienced by users of marijuana. Multiple transcript variants encoding two different protein isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, May 2009]

Forensic Context

A study in human fetal and adult tissues demonstrated that the CB1 cannabinoid receptor protein and mRNA are identifiable via immunohistochemistry and RT-PCR in long-term formalin-fixed paraffin-embedded samples, confirming the usability of such degraded tissues for molecular analysis [Blanchot et al. DOI:10.1007/S00414-026-03744-X]. The experimental approach successfully detected the CNR1 in fetal brain regions and placenta, with differences in RNA extraction and PCR success observed across brain regions and fixation durations, establishing a methodological prerequisite for investigating cannabis toxicity during pregnancy.