Basic Information

Symbol
CNTNAP3
RNA class
mRNA
Alias
Contactin Associated Protein Family Member 3 CASPR3 KIAA1714 CNTNAP3A Contactin Associated Protein Like 3 Contactin-Associated Protein-Like 3 Cell Recognition Molecule CASPR3 FLJ14195 Cell Recognition Molecule Caspr3
Location (GRCh38)
9:39064710-39288611
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_033655.5
Sequence length
13150.0 nt
GC content
0.4020

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3876.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4122.22 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 3670.96
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001393379.1 NCBI
GCAGAGCAGCGUCAGAGCCGCGCAGGGGACGGGAGUGAGAGCAGGAGCG… 12907 nt 0.3986
NM_033655.5 NCBI
GCAGAGCAGCGUCAGAGCCGCGCAGGGGACGGGAGUGAGAGCAGGAGCG… 13150 nt 0.4020
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the NCP family of cell-recognition molecules. This family represents a distinct subgroup of the neurexins. NCP proteins mediate neuron-glial interactions in vertebrates and glial-glial contact in invertebrates. The protein encoded by this gene may play a role in cell recognition within the nervous system. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described but their biological nature has not been determined. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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