Basic Information

Symbol
COG2
RNA class
mRNA
Alias
Component Of Oligomeric Golgi Complex 2 LDLC Low Density Lipoprotein Receptor Defect C-Complementing Protein Low Density Lipoprotein Receptor Defect C Complementing Conserved Oligomeric Golgi Complex Subunit 2 COG Complex Subunit 2 Brefeldin A-Sensitive, Peripheral Golgi Protein Conserved Oligomeric Golgi Complex Protein 2 CDG2Q
Location (GRCh38)
1:230642464-230693985
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007357.3
Sequence length
2932.0 nt
GC content
0.4601

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-893.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -946.74 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 982.15
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.((((..((((......)))).)))).)).(((((((.((((..(.((((..(((((((...((((((....))))))......((((((.(((((((.......(((((.((..((((((((((......(((((.....)))))(((.(((((((((((((...((..((((((..((....(((......)))....))..)))))).))...))))))))....((((((((((((...((((((((((.((((((.(((((..(.(((.....................))))..)))))..))).)))...((((((.....))))))(((((((((((((.....((((((((((((((..((((.........)))))))))))).(((((((.....(.(((((((((.....(((((.((....((((.(.(((..((((((((((((((......((((((((((..((((((((((((...........)))))(((((..((((..................((((((.....)))))).....((((.((((.....))))...))))..))))))))).....((.....))..)))))))..))))))...)))).....))))))).).))))))..))).).))))..)).((((......)))))))))..))))))))).).....(((((.(((((..((((((((......)))).)))).((((((..(((((((((((.((...)).)))))))).(((((...))))).........))).))))))))))).)))))(((...(((((((.((((((((((..(((((((...(((((....((.((((((......))).)))))(((((....(((((....)))))...)))))...))))))))))))..)))............((((((.((.(((((((((((((....((((((((..((....))..)))))))).(((.(((((.(((..((......)).)))))))).)))......))))))...(((((((....)))))))....(((((((((((...((.....))...)))))))))))(((...))).......((((((((((..........(((((((((((..((((....((((...(((((.((((.......(((..((.........))..))))))).))))).......(((((..((((((((...)))).((((((..(((((.((......)).)))))..))))))...))))))))).(((((..(((.....)))..)).))).)))))))))))))))))))(((....)))))))))).)))...))))))).))))))))((((((((((((...(((((....((((....)))))))))..((((((((.....))))))))..)))))).)))))).))))))))))))))(((......))).)))...((((....)))))))))))((((((...((((((...(((....(((........)))((((.........))))...((((((((((......)))).)))))).......)))...)))))).))))))((((..((.....))..))))(((((...((((((.....)))))).)))))((((((.....)))))).......))))))...)))))).)))))))...........)))))).....)))).)))).(((((.(.(.(((.(((.......)))))).).).))))).(((..(((((((((((...........)))).))))))))))))))))))....)).)))))).(((((...((.....))...)))))....(((((((..........)))))))(((.((((..(...((((((((((..........)))))))))))..)))))))....(((......)))......(((((....))).))((((.((((..(((....)))(((((.....)))))..((((.(((((.((.....))))))......).)))).)))).)))).....((((......)))).......))).)))))))..)))))))(((((((((.((.((....)).)).))..(((.(((.((((......))))...))).))).(((.(((......))).)))......)))))))...((((.((((((.............((((((...))))))))))))))))))))))).)))))).(((((((.((((((((....(((((((......)))))))...........((((((.((.(((((.(((((((((((...(((((((...(((((((....((((.((.((.....)).)).)))).(((((...))))).....((((.....(((((((((.((......))))))..))))).((((((.....))))))...((((((..((((((((...))))))))..)))))).............((((((((((..((((((((...((((......))))...))))))))..))))).))))).))))............((((....(((..........)))....)))))))))))))))))).))))......)))))))..))))).)..........).)))))).((((((.((((((((((.......)))))).....))))))))))..)))))))).(((((((..(((((((.........))).))).)..).))))))....)))))))....)))).))))))).)..)))).))))))).((..((((...((((..........)))).)))).)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((..((((.{{.{,|,||{||||.,..||{||||},|||}}}.,||}}}||,,,(({{.(((((({{{.||||{{{.,,{{((({{,.,{{{{,({{{{,({(((((.((..((((((((((,,....(((((.....||}||((,,,||}}{{{(({{(,,,((,.((((((..((.,,.(((......}}}..,,))..)))))).},.,,||}|}|||.{{{{,,{{{{{|,{{{{,{((({{((,,((({{({,((((({{(,(,,.....................,|||{,||}}|...,..{{{,,,,{||,...,.(((((((.(((((.(((((((..(({{((.((((.((....{(({|,(({{.{{(((.((((..((((({.((((...((((...((((({...})))))...)))).))))..})))))..,,||}},|}}}}.,,..|,|((((((........))))))}.,..........,...,,,,.,})))))))...)).)))).}))))..))))))}..))))).}))))))....,}}}}...|||||,.,,..,{{(({{({{{{{..((((((((,,,,....(((((((..((((((((..{.......}..))))))))..))))))){{{{....{||((({{{{{{,..{{{..,,)}).))))))}),..{{{{({(,((,..{{((((((......)))).)))),,||,||},|||((((((((.{{...}).)))))))).(((((...))))).........,)).,))))))))|}.|}},|{((.{,.{((,,..,,{{||||.,|,||.((((......))))..{{.||||||......,,|,|,,{||||||..,..||||}},.}})))}}},||||.,|||,||||||}},,)))))).,...,,,..((((({{|(|{{({{({((((((..{,((((((((..((....))..)))))))),(((.(((((.(((..((......)).)))))))).)))......))))))...(((((((....)))))))....(((((((((({..,{(,.....,.,})))))))))))(((...}}}{,,.,,{(((,((({((,.,,.{{,,.,{{||||||||}.||||,}},||||,.,(((((,((((,{{{{{{(((,,{{{.......||,.{}|,}}}}.}}}}}..},.,.(((((.....}}}}}{((,({{,{{((({,.(((((,((....,,)).)))))}})))))).)})}},},,,}.|||||..{{(,,.,,|||,.}|,|||.||||}}}},}}}}}}}}}}((({{,.||||,|||,,,,.....}))),)))),.)))))})|,{{{{.{{{,,.,,,,,}}}.}}}},}}))))}))}}),.((((((((.....))))))))...{{{{{{.{{{{{.,,)))))))))))|{{({{{,,,}}}|||}...{{||,..,)))))}})},,})},|}}..,,,.{(((,(({...{((.{{........)}.))}..,,).}))).....((((((((((......))))}})))))......})})}}})))}}},,,,,,)|||{,,{|,},,})}},)))))}||}}},.||)))),,)))))})}}))))}||||||..,,}))))},....{{(((,,,...}}}}}.....}||||||...,....,||||||{{{{{|{{.(((.((((.{....})||}.|||||,{{({({,{{(,({(,((((((((,{,,((((((((((...........)))).)))))}|(((((.......{(((,,.{((((......))))))))))))))}}.,|,...}}|||||...,...,,,|||||,,((((.((((..{...((((((((((..........)))))))))))..))))))))...{{{......})}.....,{{{{{,{,|}||.,,})})})}},.,}}},,.{{{((((((.....)))))....)))}((((.((.....))))))....}.}))))))))))|||||....}||||.....,))))},.....}}}.}})))))..)}}}))},.||,|}}}}.})),.,)))))),)}}},||...,,}||||}}.,}.))))...},},,,,.,....{{{{{{{,||.,},}....{{((({{,,,,,,{{..{{|.........{({{{{{{(((({...)))))),,|(((((.((((........)))).)))))}.((((((((....(((((((......)))))}|..,.,,,{,..{{{{{{.||.(((((.{((((((((((...(((((((...((((((({{{{{,,{.((,,.....|}}.{{{{||{{(((((...}))},......,||.....(((((((((,{,......})))))..}))))}}|||||))...},}}}},..((((((..((((((((...))))))))..)))))).,,,...,.....((((((((((..((((((((.,.((((......)))).,.))))))))..))))).))))).||||,,.{{.....,,,||,,...||,..,.,,,......}},.,}},)))))))))))))).))))},....|}))))}..))))).}..........).))))}}.((((((.((((((((((.......)))))).....))))))))))..))))))))}|||||}....||||||,,.|,,,|,},||||,|||||.}|,,,,..,})))))})},)}}})})},|||||,},,))))}})}}}}|{(({,,{,,...||||}},.......,,,},))))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001145036.2 NCBI
AUGUUGGCGGAAGCGGACCCCCCUGUGCCGUGGAAACUGGCGGUGGCCG… 2929 nt 0.4599
NM_007357.3 NCBI
AUGUUGGCGGAAGCGGACCCCCCUGUGCCGUGGAAACUGGCGGUGGCCG… 2932 nt 0.4601
Summary

This gene encodes a subunit of the conserved oligomeric Golgi complex that is required for maintaining normal structure and activity of the Golgi complex. The encoded protein specifically interacts with the USO1 vesicle docking protein and may be necessary for normal Golgi ribbon formation and trafficking of Golgi enzymes. Mutations of this gene are associated with abnormal glycosylation within the Golgi apparatus. Alternative splicing results in multiple transcript variants.[provided by RefSeq, Feb 2009]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.