Basic Information

Symbol
COL10A1
RNA class
mRNA
Alias
Collagen Type X Alpha 1 Chain Schmid Metaphyseal Chondrodysplasia Collagen, Type X, Alpha 1 Collagen Alpha-1(X) Chain Collagen X, Alpha-1 Polypeptide
Location (GRCh38)
6:116118909-116158747
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000493.4
Sequence length
3302.0 nt
GC content
0.4752

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1154.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1215.90 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 708.88
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000493.4 NCBI
ACCUUCUGCACUGCUCAUCUGGGCAGAGGAAGCUUCAGAAAGCUGCCAA… 3302 nt 0.4752
NM_001424106.1 NCBI
CAAAAAGCUCGGGAAGUAGUGGACUGUUUUUACCCCUCCUGGGAUCACC… 3381 nt 0.4715
NM_001424107.1 NCBI
AGUUUAACAGACAAUUGUGCCACAUCACUAUUUCUAUCAUCACUGAAUA… 3396 nt 0.4691
Summary

This gene encodes the alpha chain of type X collagen, a short chain collagen expressed by hypertrophic chondrocytes during endochondral ossification. Unlike type VIII collagen, the other short chain collagen, type X collagen is a homotrimer. Mutations in this gene are associated with Schmid type metaphyseal chondrodysplasia (SMCD) and Japanese type spondylometaphyseal dysplasia (SMD). [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A review of proteomic applications in forensic science spanning 2004–2024, which included studies on human and animal models, identified the COL10A1 as a protein marker showing loss post-mortem in bone for late post-mortem interval estimation [Alex et al. DOI:10.1016/j.scijus.2025.101320].