Basic Information

Symbol
COL16A1
RNA class
mRNA
Alias
Collagen Type XVI Alpha 1 Chain Collagen, Type XVI, Alpha 1 Collagen Alpha-1(XVI) Chain Collagen XVI, Alpha-1 Polypeptide Alpha 1 Type XVI Collagen FP1572 447AA
Location (GRCh38)
1:31652260-31704319
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001856.4
Sequence length
5418.0 nt
GC content
0.6235

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2547.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2628.81 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1224.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001856.4 NCBI
AGUCCCCGGCAGGCGUGCGCCGGGCAGCAGACAGCCGGGAGAGCUCGAG… 5418 nt 0.6235
Summary

This gene encodes the alpha chain of type XVI collagen, a member of the FACIT collagen family (fibril-associated collagens with interrupted helices). Members of this collagen family are found in association with fibril-forming collagens such as type I and II, and serve to maintain the integrity of the extracellular matrix. High levels of type XVI collagen have been found in fibroblasts and keratinocytes, and in smooth muscle and amnion. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice selectively bred for high or low methamphetamine consumption identified the COL16A1 as an extracellular matrix gene overexpressed in the ventral midbrain of the low-consumption line, indicating its association with innate genetic risk for addiction in the absence of drug exposure [Hitzemann et al. DOI:10.3390/brainsci9070155].