Basic Information

Symbol
COL24A1
RNA class
mRNA
Alias
Collagen Type XXIV Alpha 1 Chain Collagen, Type XXIV, Alpha 1 Collagen Alpha-1(XXIV) Chain
Location (GRCh38)
1:85729233-86156943
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_152890.7
Sequence length
6834.0 nt
GC content
0.4508

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2123.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2250.11 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2148.41
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001349955.1 NCBI
UACCUGCACCCUAAGCAGUUCAGAGUUGGCUUCUGUUUUCCGUUAGCGC… 6529 nt 0.4442
NM_152890.7 NCBI
ACUGGAGUCACAGAGUCGCCUUUGAACCGCAAGUGAACUUGAGUGCUGC… 6834 nt 0.4508
Summary

This gene is a member of the collagen gene family and is thought to regulate type I collagen fibrillogenesis during fetal development. [provided by RefSeq, Mar 2017]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the COL24A1 gene, encoding a collagen type XXIV alpha 1 chain, was overexpressed in the ventral midbrain of a low methamphetamine drinking line compared to a high drinking line, indicating its role as an extracellular matrix component in the transcriptomic basis of addiction risk [Hitzemann et al. DOI:10.3390/brainsci9070155]. In human cardiac tissue, the COL24A1 was identified as a druggable gene downregulated in ischemic, hypertrophic, and dilated cardiomyopathies, suggesting a common transcriptional signature in end-stage heart failure [Simonson et al. DOI:10.1016/j.celrep.2023.112086].