Basic Information

Symbol
COL6A6
RNA class
mRNA
Alias
Collagen Type VI Alpha 6 Chain Collagen Alpha-6(VI) Chain Collagen, Type VI, Alpha 6
Location (GRCh38)
3:130517177-130677044
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001102608.3
Sequence length
8689.0 nt
GC content
0.4653

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2732.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2894.29 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2210.14
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001102608.3 NCBI
GCCACCCGCUUGCCUGCGGGACACCGGAGUCAAGAGGCUGCCCACGCCG… 8689 nt 0.4653
Summary

This gene encodes a large protein that contains multiple von Willebrand factor domains and forms a component of the basal lamina of epithelial cells. This protein may regulate epithelial cell-fibronectin interactions. Variation in this gene may be implicated in skin diseases. [provided by RefSeq, May 2017]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the COL6A6 was upregulated during long-term weight loss in weight losers over a 12-month intervention in subcutaneous adipose tissue, with this expression pattern being opposite to that observed in acquired obesity within BMI-discordant monozygotic twin pairs [Bollepalli et al. DOI:10.1038/ijo.2017.245]. In mice selectively bred for differential methamphetamine consumption risk, the COL6A6 was identified as an extracellular matrix gene overexpressed in the ventral midbrain of the low methamphetamine drinking line compared to the high drinking line [Hitzemann et al. DOI:10.3390/brainsci9070155].