Basic Information

Symbol
COL8A1
RNA class
mRNA
Alias
Collagen Type VIII Alpha 1 Chain C3orf7 Collagen, Type VIII, Alpha 1 Collagen Alpha-1(VIII) Chain Endothelial Collagen MGC9568 Smooth Muscle Cell-Expressed And Macrophage Conditioned Medium-Induced Protein Smag-64 Cell Proliferation-Inducing Protein 41 Collagen VIII, Alpha-1 Polypeptide Chromosome 3 Open Reading Frame 7 Smag-64
Location (GRCh38)
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis

MANE select

Transcript ID
NM_020351.4
Sequence length
5515.0 nt
GC content
0.4651

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1880.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1976.00 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1310.25
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
GGAUCACAGCCCUUCCCCGAUCCUCUCCGUGGGAGCCAGCGAGCCUCUC… 5577 nt 0.4649
GGAUCACAGCCCUUCCCCGAUCCUCUCCGUGGGAGCCAGCGAGCCUCUC… 5515 nt 0.4651
Summary

This gene encodes one of the two alpha chains of type VIII collagen. The gene product is a short chain collagen and a major component of the basement membrane of the corneal endothelium. The type VIII collagen fibril can be either a homo- or a heterotrimer. Alternatively spliced transcript variants encoding the same protein have been observed. [provided by RefSeq, Dec 2011]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the COL8A1 gene, encoding a collagen, was up-regulated in the rostral spinal cord segment during early phases (1 and 8 days post-lesion) and down-regulated at 45 days post-lesion in both rostral and caudal segments following a contusion injury [Bighinati et al. DOI:10.3390/ijms22041744].