Basic Information

Symbol
COL8A1
RNA class
mRNA
Alias
Collagen Type VIII Alpha 1 Chain C3orf7 Collagen, Type VIII, Alpha 1 Collagen Alpha-1(VIII) Chain Endothelial Collagen MGC9568 Smooth Muscle Cell-Expressed And Macrophage Conditioned Medium-Induced Protein Smag-64 Cell Proliferation-Inducing Protein 41 Collagen VIII, Alpha-1 Polypeptide Chromosome 3 Open Reading Frame 7 Smag-64
Location (GRCh38)
3:99638426-99799226
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_020351.4
Sequence length
5515.0 nt
GC content
0.4651

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1880.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1976.00 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1310.25
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001850.5 NCBI
GGAUCACAGCCCUUCCCCGAUCCUCUCCGUGGGAGCCAGCGAGCCUCUC… 5577 nt 0.4649
NM_020351.4 NCBI
GGAUCACAGCCCUUCCCCGAUCCUCUCCGUGGGAGCCAGCGAGCCUCUC… 5515 nt 0.4651
Summary

This gene encodes one of the two alpha chains of type VIII collagen. The gene product is a short chain collagen and a major component of the basement membrane of the corneal endothelium. The type VIII collagen fibril can be either a homo- or a heterotrimer. Alternatively spliced transcript variants encoding the same protein have been observed. [provided by RefSeq, Dec 2011]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the COL8A1 gene, encoding a collagen, was up-regulated in the rostral spinal cord segment during early phases (1 and 8 days post-lesion) and down-regulated at 45 days post-lesion in both rostral and caudal segments following a contusion injury [Bighinati et al. DOI:10.3390/ijms22041744].