Basic Information
Symbol
COMP
RNA class
mRNA
Alias
Cartilage Oligomeric Matrix Protein
TSP5
Thrombospondin-5
THBS5
TSP-5
MED
Cartilage Oligomeric Matrix Protein (Pseudoachondroplasia, Epiphyseal Dysplasia 1, Multiple)
Multiple Epiphyseal Dysplasia
PSACH
EDM1
EPD1
Pseudoachondroplasia (Epiphyseal Dysplasia 1, Multiple)
CTS2
Location (GRCh38)
19:18782773-18791305
Forensic tag(s)
Other applications
MANE select
Transcript ID
NM_000095.3
Sequence length
2452.0 nt
GC content
0.6419
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1060.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1097.47 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
533.94
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGAAAGCGAGCAGCCACCCAGCUCCCCGCCACCGCCAUGGUCCCCGACA… | 2452 nt | 0.6419 |
Summary
The protein encoded by this gene is a noncollagenous extracellular matrix (ECM) protein . It consists of five identical glyco protein subunits, each with EGF-like and calcium-binding (thrombospondin-like) domains. Oligomerization results from formation of a five-stranded coiled coil and disulfides. Binding to other ECM protein s such as collagen appears to depend on divalent cations. Contraction or expansion of a 5 aa aspartate repeat and other mutations can cause pseudochondroplasia (PSACH) and multiple epiphyseal dysplasia (MED). [provided by RefSeq, Jul 2016]
Forensic Context
A study in human and rat corpus cavernosum demonstrated that the COMP is a fibroblast subtype marker and extracellular matrix protein, where in rats, the COMP+ fibroblast subcluster was dominant and widely distributed [Yin et al. DOI:10.1016/j.celrep.2024.114760]. A study in mice demonstrated that the COMP was identified as a gene expression marker and a potential key factor separating low- and high-functioning aged groups, showing differential expression with reversed patterns between 24-month-old low-functioning and high-functioning mice after laparotomy [Asche-Godin et al. DOI:10.1093/gerona/glac043]. In human skin, single-cell analysis identified the COMP as a marker for a mesenchymal fibroblast subcluster within the wound healing roadmap [Liu et al. DOI:10.1016/j.stem.2024.11.013].