Basic Information

Symbol
COP1
RNA class
mRNA
Alias
COP1 E3 Ubiquitin Ligase RNF200 CFAP78 FAP78 RFWD2 Constitutive Photomorphogenesis Protein 1 Homolog RING-Type E3 Ubiquitin Transferase RFWD2 E3 Ubiquitin-Protein Ligase COP1 RING Finger Protein 200 FLJ10416 Ring Finger And WD Repeat Domain 2, E3 Ubiquitin Protein Ligase Constitutive Photomorphogenic Protein 1 (Arabidopsis) RING Finger And WD Repeat Domain Protein 2 Constitutive Photomorphogenic Protein 1 Ring Finger And WD Repeat Domain 2 E3 Ubiquitin-Protein Ligase RFWD2 Putative Ubiquitin Ligase COP1 EC 2.3.2.27 HCOP1
Location (GRCh38)
1:175944828-176207510
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_022457.7
Sequence length
2826.0 nt
GC content
0.4795

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-973.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1018.48 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 850.38
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001001740.4 NCBI
GCUCGCGCGCGCGCGCACGGCCGGCCACGGCGCGCCGGGGUUGGCUGCU… 2754 nt 0.4804
NM_001286644.2 NCBI
GCUCGCGCGCGCGCGCACGGCCGGCCACGGCGCGCCGGGGUUGGCUGCU… 2629 nt 0.4850
NM_022457.7 NCBI
GCUCGCGCGCGCGCGCACGGCCGGCCACGGCGCGCCGGGGUUGGCUGCU… 2826 nt 0.4795
Summary

Enables ubiquitin protein ligase activity. Involved in positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process; proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process; and response to ionizing radiation. Part of Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.