Basic Information

Symbol
COPA
RNA class
mRNA
Alias
Coat Protein Complex I Subunit Alpha HEP-COP COPI Coat Complex Subunit Alpha Alpha-COP Coatomer Subunit Alpha Proxenin Xenin Coatomer Protein Complex, Subunit Alpha Coatomer Protein Complex Subunit Alpha Alpha Coat Protein Alpha-Coat Protein AIAISD HEPCOP AILJK
Location (GRCh38)
1:160288594-160343566
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004371.4
Sequence length
5318.0 nt
GC content
0.4673

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1662.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1766.50 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1643.14
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001098398.2 NCBI
GUCGCUGACGUGGAGGCGUCCGAAGGGCAGCAGGGUGUGUCGGGGCUCG… 5345 nt 0.4674
NM_004371.4 NCBI
GUCGCUGACGUGGAGGCGUCCGAAGGGCAGCAGGGUGUGUCGGGGCUCG… 5318 nt 0.4673
Summary

In eukaryotic cells, protein transport between the endoplasmic reticulum and Golgi compartments is mediated in part by non-clathrin-coated vesicular coat proteins ( COP s). Seven coat proteins have been identified, and they represent subunits of a complex known as coatomer. The subunits are designated alpha- COP , beta- COP , beta-prime- COP , gamma- COP , delta- COP , epsilon- COP , and zeta- COP . The alpha- COP , encoded by COP A, shares high sequence similarity with RET1P, the alpha subunit of the coatomer complex in yeast. Also, the N-terminal 25 amino acids of alpha- COP encode the bioactive peptide, xenin, which stimulates exocrine pancreatic secretion and may act as a gastrointestinal hormone. Alternative splicing results in multiple splice forms encoding distinct isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human skin demonstrated that the COPA gene, categorized as an apoptosis-related gene, was significantly up-regulated in thermally injured tissue compared to normal skin during the early wound repair process following partial-thickness burn injury [Greco et al. DOI:10.1016/j.burns.2009.06.211].