Basic Information

Symbol
CPEB1
RNA class
mRNA
Alias
Cytoplasmic Polyadenylation Element Binding Protein 1 CPEB Cytoplasmic Polyadenylation Element-Binding Protein 1 CPE-Binding Protein 1 FLJ13203 CPE-BP1 HCPEB-1 H-CPEB CPEB-1
Location (GRCh38)
15:82543201-82648861
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001365242.1
Sequence length
3482.0 nt
GC content
0.4891

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1161.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1230.74 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 906.33
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001079533.2 NCBI
AGUCUGUAAUGCAGACGGGAUAGGGGUGUGUGUGUGAGGGGAGGGGGCC… 3035 nt 0.4860
NM_001079534.2 NCBI
AGUCUGUAAUGCAGACGGGAUAGGGGUGUGUGUGUGAGGGGAGGGGGCC… 3020 nt 0.4868
NM_001079535.2 NCBI
AGUCUGUAAUGCAGACGGGAUAGGGGUGUGUGUGUGAGGGGAGGGGGCC… 3121 nt 0.4835
NM_001288819.2 NCBI
GUGCUCUGUGGAGAGCCCCACGACGGCGGCGGUCGCGGCACCUUUAAGG… 3289 nt 0.4938
NM_001288820.2 NCBI
AGUCUGUAAUGCAGACGGGAUAGGGGUGUGUGUGUGAGGGGAGGGGGCC… 2793 nt 0.4823
NM_001365240.1 NCBI
CCCUCCGGCGGUAUCAGGUCGCAUCAUCCUCAGUCCUGGUCAGAGGGAG… 3612 nt 0.4870
NM_001365241.1 NCBI
GUGCUCUGUGGAGAGCCCCACGACGGCGGCGGUCGCGGCACCUUUAAGG… 3410 nt 0.4839
NM_001365242.1 NCBI
GUGCUCUGUGGAGAGCCCCACGACGGCGGCGGUCGCGGCACCUUUAAGG… 3482 nt 0.4891
NM_001365243.1 NCBI
ACAGGUGCUCCGCAUCCGGCCGGGGGGCGGCUCCGAGGAGCGGCUCGUA… 3272 nt 0.4930
NM_001365244.1 NCBI
GUGCUCUGUGGAGAGCCCCACGACGGCGGCGGUCGCGGCACCUUUAAGG… 3217 nt 0.4883
Showing 1 to 10 of 35 entries
Summary

This gene encodes a member of the cytoplasmic polyadenylation element binding protein family. This highly conserved protein binds to a specific RNA sequence, called the cytoplasmic polyadenylation element, found in the 3' untranslated region of some mRNAs. The encoded protein functions in both the cytoplasm and the nucleus. It is involved in the regulation of mRNA translation, as well as processing of the 3' untranslated region, and may play a role in cell proliferation and tumorigenesis. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2014]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the protein Cpeb3, a potential target of the CPEB1, is involved in methamphetamine-induced behavioral sensitization within the nucleus accumbens [Li et al. DOI:10.1111/adb.12881].