Basic Information

Symbol
CPNE1
RNA class
mRNA
Alias
Copine 1 CPN1 Copine I Chromobindin 17 Copine-1 COPN1
Location (GRCh38)
20:35626031-35664956
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_152925.3
Sequence length
1952.0 nt
GC content
0.5569

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-755.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -794.19 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 426.13
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001198863.2 NCBI
AUUUUGUGAAGCGGCGAAGGAGGUGGUGGCUGCGUUGGGCUCCGGGAAG… 1907 nt 0.5553
NM_003915.6 NCBI
GGCGAAGGCUUUGUAGAGUUCAGAAAUGAGGCUGACUAUAAGGCUGCUC… 2193 nt 0.5212
NM_152925.3 NCBI
AUUUUGUGAAGCGGCGAAGGAGGUGGUGGCUGCGUUGGGCUCCGGGAAG… 1952 nt 0.5569
NM_152926.3 NCBI
AUUUUGUGAAGCGGCGAAGGAGGUGGUGGCUGCGUUGGGCUCCGGGAAG… 1910 nt 0.5550
NM_152927.3 NCBI
AUUUUGUGAAGCGGCGAAGGAGGUGGUGGCUGCGUUGGGCUCCGGGAAG… 2037 nt 0.5488
NM_152928.3 NCBI
AUUUUGUGAAGCGGCGAAGGAGGUGGUGGCUGCGUUGGGCUCCGGGAAG… 2005 nt 0.5516
Summary

Calcium-dependent membrane-binding proteins may regulate molecular events at the interface of the cell membrane and cytoplasm. This gene encodes a calcium-dependent protein that also contains two N-terminal type II C2 domains and an integrin A domain-like sequence in the C-terminus. However, the encoded protein does not contain a predicted signal sequence or transmembrane domains. This protein has a broad tissue distribution and it may function in membrane trafficking. This gene and the gene for RNA binding motif protein 12 overlap at map location 20q11.21. Alternate splicing results in multiple transcript variants encoding different proteins. [provided by RefSeq, Aug 2008]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that hemorrhagic shock-induced acute lung injury/acute respiratory distress syndrome (ALI/ARDS) involves significant transcriptomic alterations, including the upregulation of the CPNE1 mRNA, which is associated with inflammatory response and involved in TNF-α receptor signaling and TNFα-induced NF-κB transcription [Wang et al. DOI:10.1097/TA.0000000000003119].