Basic Information

Symbol
CPSF2
RNA class
mRNA
Alias
Cleavage And Polyadenylation Specific Factor 2 CPSF100 KIAA1367 Cleavage And Polyadenylation Specificity Factor 100 KDa Subunit Cleavage And Polyadenylation Specificity Factor Subunit 2 Cleavage And Polyadenylation Specific Factor 2, 100kDa CPSF 100 KDa Subunit Cleavage And Polyadenylation Specific Factor 2, 100kD Subunit CPSF 100kDa Subunit
Location (GRCh38)
14:92121512-92172145
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017437.3
Sequence length
13003.0 nt
GC content
0.3902

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3984.34 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: 100000.00 kcal/mol
Frequency: inf
Diversity: 0.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001322270.2 NCBI
GCUAGUCUCCAGCUCCAAAAUGGCGGCUGCCACUGUGGGGCUUCUGCCG… 12850 nt 0.3907
NM_001322271.2 NCBI
GCUAGUCUCCAGCUCCAAAAUGGCGGCUGCCACUGUGGGGCUUCUGCCG… 12843 nt 0.3893
NM_001322272.2 NCBI
GCUAGUCUCCAGCUCCAAAAUGGCGGCUGCCACUGUGGGGCUUCUGCCG… 13226 nt 0.3951
NM_017437.3 NCBI
GCUAGUCUCCAGCUCCAAAAUGGCGGCUGCCACUGUGGGGCUUCUGCCG… 13003 nt 0.3902
Summary

Predicted to enable RNA binding activity. Involved in mRNA 3'-end processing by stem-loop binding activity and cleavage. Located in membrane. Part of mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CPSF2 mRNA was down-regulated (0.38-fold) in bone marrow cells 6 hours after 6.5 Gy whole-body ionizing radiation [Dai et al. DOI:10.1080/09553000600857389].