Basic Information

Symbol
CPT1A
RNA class
mRNA
Alias
Carnitine Palmitoyltransferase 1A CPT1-L L-CPT1 CPT1 Carnitine O-Palmitoyltransferase 1, Liver Isoform Carnitine Palmitoyltransferase 1A (Liver) Succinyltransferase CPT1A EC 2.3.1.21 CPTI-L CPT I Carnitine O-Palmitoyltransferase I, Liver Isoform Carnitine Palmitoyltransferase I, Liver EC 2.3.1.- EC 2.3.1
Location (GRCh38)
11:68754620-68844410
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001876.4
Sequence length
5238.0 nt
GC content
0.5076

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2049.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2134.65 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1156.88
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001031847.3 NCBI
AAUCCGCUGCUGCCGGCGUCGGGUGCGCUCGGCCUCGCCCGCGGCCCUC… 2622 nt 0.5400
NM_001876.4 NCBI
AAUCCGCUGCUGCCGGCGUCGGGUGCGCUCGGCCUCGCCCGCGGCCCUC… 5238 nt 0.5076
Summary

The mitochondrial oxidation of long-chain fatty acids is initiated by the sequential action of carnitine palmitoyltransferase I (which is located in the outer membrane and is detergent-labile) and carnitine palmitoyltransferase II (which is located in the inner membrane and is detergent-stable), together with a carnitine-acylcarnitine translocase. CPT I is the key enzyme in the carnitine-dependent transport across the mitochondrial inner membrane and its deficiency results in a decreased rate of fatty acid beta-oxidation. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in pigs demonstrated that the CPT1A gene and protein expression was uniquely upregulated in the skeletal muscle of cold-exposed Tibetan pigs, indicating a substrate switch to fatty acid utilization for thermogenesis [Yang et al. DOI:10.3390/ijms24087431]. In a separate forensic study, the CPT1A gene exhibited analogous time-dependent expression patterns in rats and pigs following skeletal muscle contusion, and it was part of a computational framework that successfully predicted gene expression across species for wound age estimation, enabling injury time classification with high accuracy [Wang et al. DOI:10.1007/s00414-026-03727-y].