Basic Information

Symbol
CRP
RNA class
mRNA
Alias
C-Reactive Protein PTX1 C-Reactive Protein, Pentraxin-Related Pentraxin 1
Location (GRCh38)
1:159712289-159714589
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000567.3
Sequence length
2015.0 nt
GC content
0.4913

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-663.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -700.39 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 374.24
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((.((((((.((..(((((.(((..(((((.....(((((((.(((((((....))))).)).)))).)))....)).)))..))).((.((.((.(((((...((((((......))))))))))).)).)).))...(((((.(((((((.((.((((....))))........((((((((((((((...(((..((((((.......)))))))))..((((..((((((((.((.((((...((((((((.(((((..(((.(((((...((((.((.(((((.((((.(((((........(((((((.((((.((...((((.(((..(((((...)))))..))).))))..))...((((((.(((.(((((.....))))).)))........((((.(((((((((.((.((..(((((...(((((....))))).)))))...))..)).))))))))).)))))))))))))).)))))))))))))))))))))..)))))).))))))))))))).))))))))....((((((((......((((((((.((.((.(((((((((.(....).))))))))).)).)).))))((((((..(((.(.(..((((((...(((((((((((((((....((((((.((((.......))))))).)))(((((((.(((((.(.........).))))).)))).))).))))))))))....((.(((...))).))..((((((((((.((((....)))))))))).)))).....(((((((...((((.......))))((.((((.....)))).)).....))))))))))))...)))))).).))))..))))))((((........)))).......))))...)))).))))(((((.(...((((((((((((...))))....)))))....))).).)))))))))))))))))))..))))))))))))...))))))........((((.((((((...(((((((((((((((((((.(......).))).)))))))...............)))))))))....))))))))))........((((.(((......)))))))..)))))))))))))).)))))..))))))))..................(((.(((((........)).)))))).((((.........))))...(((((.((........)).)))))((((((((..(((((((.((((((..(((........(((((......(((((((((((..((....))..)))...))))))))...((.(...((.(((((((((((.....((...((((((((((.((....)).)))..((((((.....))))))...))))))).))......(((..((.((((..((((...))))..)))).))..))).......(((((((((((..((((((((.((((((.........(((((((((((((((..........)))))..........(((((((.((.(((....)))..)).))))))).............((.(((((....)))).).))....(((((....)))))))))))))))((.((((((..(((..(((((...(((((((((((((((((...((((.(....).))))....))))))...)))))))...)))).)))))..)))...))))))))..((.((((((((((..(((....)))))).))))))).))....((((.....))))...((((..((.....)).)))))))))))))))))))))))))))))....))))))))))).))...)))..))))).....(((((.(((.((...)).))).)))))....)))....)))))).))))))).))))))))..))))(((((..(((.((.......))...)))..))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((({,((((((.((..(((((.(((..((({{.....(((((((.(((((((....,))))})).)))).)))....}}.)))..))).((.((.((.(((((..{((((((......))))))))))).)).)).))...(((((.(((((({,((.((((....))))........((((((((((((((...(((..((((((.......)))))))))..((((..((((((({,(,{((((,..((((((((.(((((..(((.(((((...((({,((.(((((,{(((.(((((........(((((((.((((.{{...((((,(((..(((((...))))).,))}.))))..}|,,,,.{{{{.(({,({{{{...,,}))}},))}...,,,,.((({.(((((((((.((.,{..(((((...(((((....))))).)))))...}}..)).))))))))).)))),},,,,)))).)))))))))))))))))))))..)))))).))))))))))))).))))))))....((((((((.,,...((((((((.((.((.{((((((((.{....).))))))))}.)).)).))))((((((,.({,{(.,..((((((...(((((((((((((((.,,,(((((({((((.......))))))),})){((((((.(((((.(.........).))))}.)))).||}.}}}}}}}))).,..((.(({...})).))..((((((((((.((((....)))))))))).)))).....(((((((...,(((.......)))}{{.{({{.....)))).)),....))))))))))))...)))))).}.))}},}))))))({((,.......)))).......)))).,,)))).)))){((((.({,.,{{(((((((((...)))),...)))))...,)})...)))))))))))))))))))..))))))))))))...))))))..}|....{(((.((((((..{(((((,,,{{((({{((((.{......|.)))}|}|}}},..|||,,.,,.....)))))))))},}.)))))))))}...,....((((.(((......)))))))..)))))))))))))).)))))..))))))}},,................,{{.{{{((.,....,.)).))}|}}.|||{......,,,||||{..,{{{{,{,.,,....{||{,|||{((((((((..(((((((.((((((,.(((.,,.....,|{{{......(((((((((((..((....))..))),..})))))))...{{.{,..((.(((((((((((.....((...((((((((((.{,....,,.)))..((((((.....))))))...))))))).))......{{(..((.((((..(({,...})))..)))).))..))}.......(((((((((((..((((((((.((((((,........((((((((((((({,....,,,...,}}}}....{,,...(((((((.{(,(((....}}}.,)).))))))).............((.(((((....)))).).))....(((((....)))))))))))))))((.((((((..(((..(((((...{((((((((((((((((...{{{{.,....|.}))),.,.)))))),..}))))))...))}}.)))))..)))...))))))))..((.((((((({{{,,(((....)))))).))))))).))....((((.....))))...{{{,..,{,.....,.},}))))))))))))))))))))))))))....))))))))))).)){{{||}.{||,,......{|{{{,|||,{{...)),))).))))),.,.))),,..)))))}.))))))).))))))))..,,,)}||||,,....||,.....,}},,,)))...,,,}.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000567.3 NCBI
AAGGCAAGAGAUCUAGGACUUCUAGCCCCUGAACUUUCAGCCGAAUACA… 2015 nt 0.4913
NM_001329057.2 NCBI
AAGGCAAGAGAUCUAGGACUUCUAGCCCCUGAACUUUCAGCCGAAUACA… 1307 nt 0.5027
NM_001329058.2 NCBI
AAGGCAAGAGAUCUAGGACUUCUAGCCCCUGAACUUUCAGCCGAAUACA… 682 nt 0.5103
NM_001382703.1 NCBI
AAGGCAAGAGAUCUAGGACUUCUAGCCCCUGAACUUUCAGCCGAAUACA… 1649 nt 0.4918
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the pentraxin family which also includes serum amyloid P component protein and pentraxin 3. Pentraxins are involved in complement activation and amplification via communication with complement initiation pattern recognition molecules, but also complement regulation via recruitment of complement regulators. The encoded protein has a calcium dependent ligand binding domain with a distinctive flattened beta-jellyroll structure. It exists in two forms as either a pentamer in circulation or as a nonsoluble monomer in tissues. It is involved in several host defense related functions based on its ability to recognize foreign pathogens and damaged cells of the host and to initiate their elimination by interacting with humoral and cellular effector systems in the blood. Consequently, the level of this protein in plasma increases greatly during acute phase response to tissue injury, infection, or other inflammatory stimuli. Elevated expression of the encoded protein is associated with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS‐CoV‐2) infection. [provided by RefSeq, Aug 2020]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.