Basic Information

Symbol
CRTAC1
RNA class
mRNA
Alias
Cartilage Acidic Protein 1 CEP-68 ASPIC1 FLJ10320 ASPIC CEP68 Chondrocyte Expressed Protein 68 KDa CEP-68 Acidic Secreted Protein In Cartilage 68 KDa Chondrocyte-Expressed Protein LOTUS
Location (GRCh38)
10:97865000-98030828
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_018058.7
Sequence length
2683.0 nt
GC content
0.5941

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1107.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1149.73 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 543.37
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001206528.3 NCBI
GUAUAAAGCGAGCGCGCGGCGUCGGGGCGGGAGGCUCGAGGCCAGCCCG… 2119 nt 0.6012
NM_018058.7 NCBI
GUAUAAAGCGAGCGCGCGGCGUCGGGGCGGGAGGCUCGAGGCCAGCCCG… 2683 nt 0.5941
Summary

This gene encodes a glycosylated extracellular matrix protein that is found in the interterritorial matrix of articular deep zone cartilage. This protein is used as a marker to distinguish chondrocytes from osteoblasts and mesenchymal stem cells in culture. The presence of FG-GAP motifs and an RGD integrin-binding motif suggests that this protein may be involved in cell-cell or cell-matrix interactions. Copy number alterations in this gene have been observed in neurofibromatosis type 1-associated glomus tumors. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

A study in human blunt trauma patients demonstrated that the CRTAC1 was identified as one of 16 overlapping RNA transcripts in blood, selected by both LASSO and XGBoost machine learning models for the early prediction of multiple organ failure, though its specific mechanistic link to organ failure remains unknown [Duran et al. DOI:10.1186/s13613-024-01364-5].