Basic Information

Symbol
CRY1
RNA class
mRNA
Alias
Cryptochrome Circadian Regulator 1 PHLL1 Cryptochrome 1 (Photolyase-Like) Cryptochrome Circadian Clock 1 Cryptochrome-1 DSPD
Location (GRCh38)
12:106991364-107093855
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004075.5
Sequence length
2987.0 nt
GC content
0.4600

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-940.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -996.41 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 715.05
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((..(((((.(((((((((((((((...))))))....((((..(((((((((.((.(((((....((.....(((.((((((........)))))).)))...))((((((((.(((((......)))))..((....)))))))))).......((((((.((.(.........).)).)))))).))))))))))))...))))))))....))))))))).)))))....((((((((((((....))))))))))))...(((...(((((.(((.((((((((.((((((...((........))..)))))..((.((((((((..((((.(((.(((....(((.......)))))))))))))..))..)))))).))...............).)))))))).)))((((((....(((((.(((.....(((((...(((((((((((......(((.((((....((((((.(...).))))))..((((((((((.(((((.(((((((((...(((((((((((((.(((...(((((....(((((...((((.(((.(((....))).))))))).....)))))....))))).))).)))))))))))))............((((((((........))))))))))))))))).((((((((..(((((.((((((((...)))))((((((((.((((.((.(((((((....))))..(((((((((((((((.(((((((..(((((((((...((((((((...(((((........)))))...))))))))...........((((((((.....((((((((((...((..((.......((((......)))).......))..))))))))))))....)))))))))).)))))))..))..)))..)).))))))))))))))).(((((((................(((((.((.....)).))))).........(((((....))))).....)))))))..(((((((...((((((((......(((...((.((((.....(((..(((.....(((((((....)))......)))).....)))..))))))).)).)))))))))))....)))))))))).)).)))).)))))((((.(((((.((((.(((((((((((((.((((.((((((((((((((......(((.....(((((((...(((..(((.((((.....(((.....)))...)))).)))..)))))))))).)))...)))))))))))...))).))))((((...))))...((((((..((((..((((((......(((((((...((((...(((((.(((((.(((......))).......((((.(((((((......(((.....)))....(((((.((((((.(((......................))).)))))).))))).......(((....)))..(((((((..((..(((((((((....)))))))))..)).(((.....)))((((((((.....))))))))((((.......))))...)))))))....((((((((((((((((.....)))))))((((((......)))))))))))))))..))))))).))))))))).)))))...))))(((.(((((.(((..((((......(((..((.(((.....((((....)))).....))).))..)))..))))..))).))))).)))))))))).((((.((((((..(((.....)))..)))))))))))))))).))))))))))......((((((.....))))))........((((..(((.......((((((.......((((......)))).)))))).....))).))))..........(((((........))))).....((.(((((...((((((......(.((((...((((.....)))))))).).....))))))...))))).)).))))))).)))))).))))..))))).))))((((.((((...)))).))))))).....((((((((........))))))))))).)))))..))))))))..))))).))))))))))(((((........)))))...)))).)))((((((........))))))))).)))))))))))))..))).))))).......))))))....(((((..........))))).....)))))....))).((((..(((((((((((.(((.((((((.(((((.((((((((.(.(((((....((((((((..((((((((.....))))))))..........((((((((((.....((((((((.(((((...((((((....)))))))))))(((((....(((((((((..((((.........))))..)))))))))...))))).....(((.((((........(((((......))))).........)))).)))(((............)))))))))))))))))))))((((((.((((................)))).)))))).....(((((.(((((((...)))))))..)))))........(((((((((....)))))))))............)))))))))))))).))))))))))))).))))))........(((((((..((((....))))..)))....))))............(((......))).....(((((((((((.....))))....(((((.(((......................))).)))))....)))))))))).)))))))))))...))))((((((((.......))))))))(((((((......))).))))...)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{(,..(((((.(((((((((((((((...))))))....((((..(((((((((.((.(((((....{,,,,.{{{(,((((((........)))))).)}).,.|.((((((((.(((((......)))))..((....)))))))))).,.....((((((.((.(.........).)).)))))).)))))))))))),..)))}))))....))))))))).))))).}..((((((((((((....))))))))))))..{(({..{{{{{,.(((,(((({{((.,((,(({{{,{.{{{,.,{||{{|||,|{,{,.||||||}}}}||}}}|||}|,|...})))}.}},}.,)))))}}}})}}..,,.})))),,,)),..............{{{||,,,))})),((((((....(((((.(((.....(((((...(((((((((({......(((.((((....((((((.{...}.))))))..{(((((((((.(((((.(((((((((...((((((((((({({(((,..({{,,....||,||,{|((((,(((,(((,,,.}}}.})))))},..},)})})....))))).},},)))))))))))))............((((((((........))))))))))))))))).((((((((..(((((.((((((((...)))))((((((((.((((.{(,(({((((....)))).,(((((((((((((((.((,({((..(((((((({...((((((((...(((((........)))))...))))))))...........((((((((.....((((((((((..{((((((,,(((.,,.......,,,)))))).)))),...))}))))))))....)))))))))),)))))))..))..}}}..)).))))))))))))))).,(((({(.........,,,....(((((.((.....)).))))).........(((((....))))).....,}},,,,..(((((((...((((((((......(((...,..,,..,....}{{{{{......,||||{{,..,,,|{((((..(((.....)))..)))))),..}},}}}))))))))....)))))))}}}.)).)))).))))){(((.{((((.((((.(((((((((((({{((((.((((((((((((((......(((.....(((((((...{((..(((.((((.....(((.....)))...)))).)))..)))))))))).)))...)))))))))))...))).))))|(((...)))}...((((({,.((((..{{{{{{,.....||{({(((,.((,{((((((((((.(((.(((......))).))}...((((.(((((((....,.(((.....))).,..(((((,((((({,(((..,.,...,....,........,,}.}}}))).))}}}...,}|}(((....))),{((({{,,||||,.(((((((((....))))))))).....(((.....)))((((((((.....)))))))),{{|,,,.,,,))))..}))))}}}....((((((({((((((((.....)))))))|{((((.,,...}))})))))))))))..))))))).)))){{{{{.((({((((((((((({..{{{,{,,,.,,,,.....,(({,.({.{{{.,,.,||||,...}})},.,|{|||.,,..})),.}))}.,,)))))))))))))))}}}},,,,,.,,((,,..|},))))))))}}}))}))}})))))),},)))}})))))......((((((.....))))))...,,,|.((({,.{{{{{,.......,,,..{,,,,((((......))))..|||}}|,....||,.|||,...{{{,..(((((........))))),,,..{|,||{{|,,.|||{{{}}.,,,|}{||||..{(((|,,,{}}|||,,}.,.....)))}}}.,,)))}),)).))))))).)))))).))))..))))).)))}((((.((((...)))).))))))}....,((((((((........))))))))))).)))))..))))))))..))))).)))))))))}(((((........))))}...)))).)))((((((........))))))})),}))))))))))))..))).)))))....,,.)))))).....{(({....})))..(((((.((........))))))){(((..(((((((((((.(((.{{{{{{.{{({{(((({{(,({(.{{{||.,..||||{(((,,((((((((.....)))))))}.,.{{({(({({((((((((.....((((((((.,,{((,,.(({{((....}}}}}}||||,,,|||}}},|((((((((..((((.........})))..)))))))),,||||{{}..,.|{{(.({({....,,..(((((.....,)))))....}}...)))}.}}}||{.},,,,.}}...,,}))))))))))))))))))}|||||,{{{,...|,|.,..||||..,}}}|,...|,,,,,.(((((.(((((((...)))))))..))))),{,,....(((((((((....})))))))}.....,{,{,,,|}}||||||||}).}}}})}}}))}}}}.}}}}}}..,,...,(((({((..((({....})))..)))....))))}.,,,,,,....||{,,,,..}},,{{{{,...}}})},|}},,,}}}}},,,|,,}|}}}}},,,,}},}}},..,|||.,,,,.,}},,}),}},,,})))}))).)))))))))))...)))}((((((((.......)))))))){(({,{{......},}.)))}...)))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001413458.1 NCBI
AGAGUCACCCGGGCAGCCUCGGGACCGGUCACCGGCCGGCAACCGUCCA… 2983 nt 0.4599
NM_001413459.1 NCBI
AGAGUCACCCGGGCAGCCUCGGGACCGGUCACCGGCCGGCAACCGUCCA… 2980 nt 0.4601
NM_001413460.1 NCBI
AGAGUCACCCGGGCAGCCUCGGGACCGGUCACCGGCCGGCAACCGUCCA… 2959 nt 0.4589
NM_001413461.1 NCBI
AGAGUCACCCGGGCAGCCUCGGGACCGGUCACCGGCCGGCAACCGUCCA… 3772 nt 0.4205
NM_001413462.1 NCBI
AGAGUCACCCGGGCAGCCUCGGGACCGGUCACCGGCCGGCAACCGUCCA… 3012 nt 0.4588
NM_001413463.1 NCBI
AGAGUCACCCGGGCAGCCUCGGGACCGGUCACCGGCCGGCAACCGUCCA… 2981 nt 0.4592
NM_001413464.1 NCBI
AGAGUCACCCGGGCAGCCUCGGGACCGGUCACCGGCCGGCAACCGUCCA… 3107 nt 0.4557
NM_001413465.1 NCBI
AGAGUCACCCGGGCAGCCUCGGGACCGGUCACCGGCCGGCAACCGUCCA… 3892 nt 0.4183
NM_001413466.1 NCBI
AGAGUCACCCGGGCAGCCUCGGGACCGGUCACCGGCCGGCAACCGUCCA… 2844 nt 0.4645
NM_001413467.1 NCBI
AGAGUCACCCGGGCAGCCUCGGGACCGGUCACCGGCCGGCAACCGUCCA… 2952 nt 0.4621
Showing 1 to 10 of 14 entries
Summary

This gene encodes a flavin adenine dinucleotide-binding protein that is a key component of the circadian core oscillator complex, which regulates the circadian clock. This gene is upregulated by CLOCK/ARNTL heterodimers but then represses this upregulation in a feedback loop using PER/CRY heterodimers to interact with CLOCK/ARNTL. Polymorphisms in this gene have been associated with altered sleep patterns. The encoded protein is widely conserved across plants and animals. Loss of the related gene in mouse results in a shortened circadian cycle in complete darkness. [provided by RefSeq, Jan 2014]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the CRY1 was evaluated as a candidate mRNA marker for estimating blood deposition time, where its expression was analyzed in blood samples collected at 2-hour intervals under controlled conditions [Lech et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2015.12.008]. In a separate investigation on human sepsis, the CRY1 was identified as a differentially expressed circadian rhythm-related gene between sepsis and control groups, with its expression validated by RT-qPCR [Wang et al. DOI:10.3390/ijms26093993].