Basic Information

Symbol
CRY2
RNA class
mRNA
Alias
Cryptochrome Circadian Regulator 2 Cryptochrome 2 (Photolyase-Like) Cryptochrome Circadian Clock 2 Cryptochrome-2 Growth-Inhibiting Protein 37 KIAA0658 HCRY2 PHLL2
Location (GRCh38)
11:45847118-45883248
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021117.5
Sequence length
4131.0 nt
GC content
0.5674

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1633.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1703.05 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 831.94
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001127457.3 NCBI
AGCUUCUUCUAGAAGCAGGCCCUGAACAGGACGUGGGUAAGAGAUCCGC… 4064 nt 0.5630
NM_021117.5 NCBI
AGCAGUCUGGACAGUCAUGGCGGCGACUGUGGCGACGGCGGCAGCUGUG… 4131 nt 0.5674
Summary

This gene encodes a flavin adenine dinucleotide-binding protein that is a key component of the circadian core oscillator complex, which regulates the circadian clock. This gene is upregulated by CLOCK/ARNTL heterodimers but then represses this upregulation in a feedback loop using PER/CRY heterodimers to interact with CLOCK/ARNTL. Polymorphisms in this gene have been associated with altered sleep patterns. The encoded protein is widely conserved across plants and animals. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2014]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the CRY2 was evaluated as a candidate mRNA marker for estimating blood deposition time, but it was not selected as a significantly rhythmic marker in the analysis of blood samples collected at 2-hour intervals under controlled conditions [Lech et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2015.12.008]. In a separate investigation of sepsis, the CRY2 was identified as a differentially expressed circadian rhythm-related gene between sepsis and control groups, with its expression validated by RT-qPCR, and it was mentioned as having high rhythmicity in septic shock patients [Wang et al. DOI:10.3390/ijms26093993].