Basic Information
Symbol
CSF1R
RNA class
mRNA
Alias
Colony Stimulating Factor 1 Receptor
C-FMS
CD115
CSFR
FMS
McDonough Feline Sarcoma Viral (V-Fms) Oncogene Homolog
Macrophage Colony-Stimulating Factor 1 Receptor
Proto-Oncogene C-Fms
CSF-1 Receptor
CD115 Antigen
EC 2.7.10.1
M-CSF-R
CSF-1R
Macrophage Colony Stimulating Factor I Receptor
FMS Proto-Oncogene
EC 2.7.10
BANDDOS
CSF-1-R
HDLS1
FIM2
GPSC
HDLS
Location (GRCh38)
5:150053291-150113372
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
Wound age identification
MANE select
Transcript ID
NM_001288705.3
Sequence length
3820.0 nt
GC content
0.5749
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1477.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1541.85 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1068.50
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AAACAGCCAGUGCAGAGGAGAGGAACGUGUGUCCAGUGUCCCGAUCCCU… | 3820 nt | 0.5749 | |
| CUUUUGCCUGCCAUCAUGUUGGAUGUGAUUCUGCUCCUCCUUUGCCUUC… | 4064 nt | 0.5677 | |
| AGACAGAGUGUCCAAAAGCGUGAGAGCACGAAGUGAGGAGAAGGUGGAG… | 4083 nt | 0.5687 | |
| AGACAGAGUGUCCAAAAGCGUGAGAGCACGAAGUGAGGAGAAGGUGGAG… | 3749 nt | 0.5714 | |
| AGACAGAGUGUCCAAAAGCGUGAGAGCACGAAGUGAGGAGAAGGUGGAG… | 3978 nt | 0.5732 |
Summary
The protein encoded by this gene is the receptor for colony stimulating factor 1, a cytokine which controls the production, differentiation, and function of macrophages. This receptor mediates most if not all of the biological effects of this cytokine. Ligand binding activates the receptor kinase through a process of oligomerization and transphosphorylation. The encoded protein is a tyrosine kinase transmembrane receptor and member of the CSF1/PDGF receptor family of tyrosine-protein kinases. Mutations in this gene have been associated with a predisposition to myeloid malignancy. The first intron of this gene contains a transcriptionally inactive ribosomal protein L7 processed pseudogene oriented in the opposite direction. Alternative splicing results in multiple transcript variants. Expression of a splice variant from an LTR promoter has been found in Hodgkin lymphoma (HL), HL cell lines and anaplastic large cell lymphoma. [provided by RefSeq, Mar 2017] CIViC Summary for CSF1R Gene
Forensic Context
A study in mice demonstrated that perinatal lead (Pb) exposure altered adult hippocampal cell composition and gene expression, with the CSF1R serving as a key marker for identifying microglial cell clusters [Bakulski et al. DOI:10.1093/toxsci/kfaa069]. A study in mice demonstrated that the CSF1R was used as a surface protein marker to gate and identify monocytes in the context of traumatic brain injury [Erwin K. Gudenschwager Basso et al. DOI:10.1186/s12974-024-03032-8]. Following clodronate-induced monocyte depletion and subsequent controlled cortical impact injury, a transcriptionally distinct CD115+/Ly6Chi monocyte population emerged in circulation, which was associated with neuroprotection, improved cerebral blood flow, and a shift towards an anti-inflammatory phenotype in the injured cortex.