Basic Information

Symbol
CSF2RA
RNA class
mRNA
Alias
Colony Stimulating Factor 2 Receptor Subunit Alpha AlphaGMR CD116 CSF2R Colony Stimulating Factor 2 Receptor, Alpha, Low-Affinity (Granulocyte-Macrophage) Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Receptor Subunit Alpha Alpha-GM-CSF Receptor GM-CSF-R-Alpha CD116 Antigen GMCSFR-Alpha GMR-Alpha CDw116 CSF2RY Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Receptor Alpha Chain Colony Stimulating Factor 2 Receptor Alpha Subunit GM-CSF Receptor Alpha Subunit CSF2RAX CSF2RAY CSF2RX GMCSFR SMDP4 GMR
Location (GRCh38)
X:1268779-1325373
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_172245.4
Sequence length
1815.0 nt
GC content
0.4915

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-571.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -606.94 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 427.67
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001161529.2 NCBI
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGG… 1967 nt 0.4936
NM_001161530.2 NCBI
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGG… 1917 nt 0.4971
NM_001161531.2 NCBI
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGG… 1619 nt 0.5028
NM_001161532.2 NCBI
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGG… 1608 nt 0.4919
NM_001379153.1 NCBI
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGG… 1853 nt 0.4965
NM_001379154.1 NCBI
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGG… 1941 nt 0.4987
NM_001379155.1 NCBI
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGG… 1595 nt 0.5009
NM_001379156.1 NCBI
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGG… 1751 nt 0.4906
NM_001379158.1 NCBI
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGG… 1805 nt 0.4920
NM_001379159.1 NCBI
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGG… 1579 nt 0.4915
Showing 1 to 10 of 25 entries
Summary

The protein encoded by this gene is the alpha subunit of the heterodimeric receptor for colony stimulating factor 2, a cytokine which controls the production, differentiation, and function of granulocytes and macrophages. The encoded protein is a member of the cytokine family of receptors. This gene is found in the pseudoautosomal region (PAR) of the X and Y chromosomes. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene, with some of the isoforms being membrane-bound and others being soluble. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CSF2RA is involved in the hematopoietic cell lineage pathway according to KEGG analysis following radiation-induced lung injury [Li et al. DOI:10.1177/1559325819891012].