Basic Information

Symbol
CSNK1D
RNA class
mRNA
Alias
Casein Kinase 1 Delta HCKID CKIdelta CKID Casein Kinase I Isoform Delta Tau-Protein Kinase CSNK1D EC 2.7.11.1 CKI-Delta Casein Kinase 1, Delta Casein Kinase I EC 2.7.11.26 EC 2.7.11 FASPS2 ASPS CKId
Location (GRCh38)
17:82239023-82273700
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001893.6
Sequence length
3681.0 nt
GC content
0.5762

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1416.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1484.68 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1046.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001363749.2 NCBI
ACAGCGCGAUGGCGGCGGCUCCUUUAGGCAGCUGAAAGGGGAUUUAGGC… 2560 nt 0.6211
NM_001893.6 NCBI
ACAGCGCGAUGGCGGCGGCUCCUUUAGGCAGCUGAAAGGGGAUUUAGGC… 3681 nt 0.5762
NM_139062.4 NCBI
ACAGCGCGAUGGCGGCGGCUCCUUUAGGCAGCUGAAAGGGGAUUUAGGC… 3745 nt 0.5757
Summary

This gene is a member of the casein kinase I (CKI) gene family whose members have been implicated in the control of cytoplasmic and nuclear processes, including DNA replication and repair. The encoded protein may also be involved in the regulation of apoptosis, circadian rhythm, microtubule dynamics, chromosome segregation, and p53-mediated effects on growth. The encoded protein is highly similar to the mouse and rat CK1 delta homologs. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2014]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the CSNK1D is a differentially expressed circadian rhythm-related gene in sepsis, showing no significant expression difference between sepsis patients and healthy controls in RT-qPCR validation [Wang et al. DOI:10.3390/ijms26093993]. Another human study identified the CSNK1D as an upregulated mRNA biomarker in salivary extracellular vesicles from acute head trauma patients compared to controls, with significant differential expression also observed between emergency department patients and outpatient concussion clinic patients [Cheng et al. DOI:10.1002/jcp.28139].