Basic Information

Symbol
CSNK2A1
RNA class
mRNA
Alias
Casein Kinase 2 Alpha 1 Casein Kinase II Subunit Alpha Cka1 Cka2 Casein Kinase 2, Alpha 1 Polypeptide EC 2.7.11.1 CK2A1 Casein Kinase II Alpha 1 Polypeptide Pseudogene Casein Kinase II Alpha 1 Subunit CK2 Catalytic Subunit Alpha Protein Kinase CK2 CK II Alpha EC 2.7.11 OCNDS CKII
Location (GRCh38)
20:472498-543835
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference Wound age identification Cause of death analysis Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_177559.3
Sequence length
12984.0 nt
GC content
0.4428

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-4429.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: 100000.00 kcal/mol
Frequency: inf
Diversity: 0.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001362770.2 NCBI
AGCCUCGCUCUGGUCCCUGCGGCUGGCGGCCGAGCCGUGUGUCUCCUCC… 3007 nt 0.4792
NM_001362771.2 NCBI
AGCCUCGCUCUGGUCCCUGCGGCUGGCGGCCGAGCCGUGUGUCUCCUCC… 2890 nt 0.4817
NM_001895.4 NCBI
AGCCUCGCUCUGGUCCCUGCGGCUGGCGGCCGAGCCGUGUGUCUCCUCC… 12867 nt 0.4430
NM_177559.3 NCBI
AGCCUCGCUCUGGUCCCUGCGGCUGGCGGCCGAGCCGUGUGUCUCCUCC… 12984 nt 0.4428
NM_177560.3 NCBI
AGCCUCGCUCUGGUCCCUGCGGCUGGCGGCCGAGCCGUGUGUCUCCUCC… 12657 nt 0.4420
Summary

Casein kinase II is a serine/threonine protein kinase that phosphorylates acidic proteins such as casein . It is involved in various cellular processes, including cell cycle control, apoptosis, and circadian rhythm. The kinase exists as a tetramer and is composed of an alpha, an alpha-prime, and two beta subunits. The alpha subunits contain the catalytic activity while the beta subunits undergo autophosphorylation. The protein encoded by this gene represents the alpha subunit. Multiple transcript variants encoding different protein isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Apr 2018]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CSNK2A1 transcript, a pro-apoptotic kinase, increased in relative abundance within 0.5 hours postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267]. A study in rats (Rattus norvegicus) demonstrated that the CSNK2A1 (Csnk2a1) was significantly altered in expression on day 7 following a 20% total body surface area burn injury, as identified through microarray analysis [Jayaraman et al. DOI:10.1016/j.jss.2007.05.025].