Basic Information

Symbol
CSPG4
RNA class
mRNA
Alias
Chondroitin Sulfate Proteoglycan 4 MCSP Melanoma-Associated Chondroitin Sulfate Proteoglycan MEL-CSPG HMW-MAA CSPG4A MCSPG MSK16 NG2 Chondroitin Sulfate Proteoglycan 4 (Melanoma-Associated) Melanoma Chondroitin Sulfate Proteoglycan Chondroitin Sulfate Proteoglycan NG2 EC 2.7.8 EC 3.6.3
Location (GRCh38)
15:75674322-75712848
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001897.5
Sequence length
8290.0 nt
GC content
0.6352

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3873.64 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4004.81 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2593.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((.((((...)))))))))......(((((((.(((((((....(((((((.((......((((((.((.......)).))))))(((((...((((.((((((((......((((((.((((((((((..((((((((((((((((((((((.((((.(((...(((((((..(((((...((((.....)))).))))).))).))))...))).)))).))))))))((.(((..(((((((((((((.(((((((((((..((..((((.((((((((((((.((((((..........((((..(((((((((....(((((.((.((((.(((((((.((((((((.((((((((((((((.((((..((((.(((((.....)))))))))..((((((((((((((.((((((.(.(.((.((...)).))).).)))))).)))(((.(..((((((.(((...(((((((.....(((((((..((((((.((((((.(((....))).))))))..)))))).)))))))..(((((((((((..(((.(((((..........))))).)))((((((......))))))..((((...((((.(((((((((..(.((((((((.......)).)).)))).).((.((.(((.(((..((((.(((((...((((((((.(((...))).)))))(((((..(((((((((((((.((((((((...)))))).))..)))).....((((....))))........(((((((..((.((....(((((....(((((((((((((((.((((.(((((..((((....))))..))))).)).)))))((((((.(((((((((((((.(((((((.....((.(((((.((((.....))))(((((.((((((.....(((.((.......)).)))...)))))).)))))(((....)))))))).)))))))))..))...(((((...))))).((((((((((.((((......))))..)))(((((((((((((((((.........)))))))))...(((((((.....((((((.((((((((((..(((((..(((.(((..(((....)))..))))))..).)))).))))))..))))..))))))..((.((.((..(((((((......))))...)))..)).)).))...)))))))))))))))..)))))))((((((...)).))))......))))))))))).))))))((((((.((((((((((((((((........(((((((.(.(((((((((((..((((((((.((...((((...(((((.((..(((((...)))))...))))))))))).))))))))))...)))))))).)).).).))))).)).((((..(((((.(((..((((((((((((.((((.........)))).)))))))((((((.((((((((((.((((..((((....(((((.....(((((((....((((.......))))....))))))).(((((((((.((.......)).)))).)))))..((.((.((((...)))).))))(((((((((((..((.((((((....((((((((((((((((............(((((...........))))).((((.((((.(((.((((((((...)))(((((((((.....(((((((.((.(((((((((..(((((..(((((((...(((((.(((..(((((((((........))))))..((((((((((((..((((((((((((..(((.....((((.(((((..((((.(.((....)).).)))).)))))))))((.(((((..((((((..((((.((((......)))).))))..))))))..))))).))...........))))))))).))))))....)).).)))))))))(((.(((((((..((((.(((....(((((((((...))).))))))....))).))))...))).)))).))).((.(((........)))))))).))))))))((((((((((((((((..........(((((........)))))..)))))))))).).))))).))))))).)))))))))))..))).)).)))))))((((....)))).......))))))))))))))((((.((((.(.(((.....))).).))))))))..))).))))...)))).))))).))))))))))))))))))).)))))))).)))...((((((((((.((.((((((((.(((((.((((((..((((((....)))).)).)))))).)))))..(((((..(((((.(((((.((((((.((((.(((((((((((((..(((((.(((........((((((((((((((((((((.(((..(((((.(((((((.(((.((.(((........))))))))(((((.......))))))))...)))).)))))...)))..((((........((((((..((((((...)))))).(((.....)))((((.(((((((((((....(((.((.(((.((((((.((.....)))))))).))))).))).(((.((.....)).)))(((((....(.((((((...................................)))))).).....)))))))))))........))))).))))....)))))))))))))))))))))...))).)))))).....(((((....)))))...((.((((((........(((.((.((((.((((((((((.(((.(((((.(((.((((((.(.((.....)).).)))).))))).((((((......)))))).......))))).))).)))))(((((....))))).......))))).)))).))..))).((((((((....((.(((.((..(((((.((.(.((....))..).)).)))))..)).))))))))))))).....(((((((.....((((((....(((((.(((((((((((((.((...((((..((((((.((.((((..(((((((((.(((((((((....))).......(((..(((((((.(((......))).))))))).))))))))).)))))))))....))...(((((((.((..((...(.(((.(((((((.(((.....))).))))))).))).)))))))))))))).))))))))..)).))..)).)).)))))..))))))))((((((((((....))))))).))))))..)))))).......))))))))))))).))))))))))((((.((((........))))...))))...)))))))))).(.(((((((....)).))))).)))).)))).))))))..).))))...))))).....(((((...((((.(...).)))))))))..........))))).(((((((((((((((((((((((.((((...((((((...((((....((((.(((((.((.(((((.(((...((((((((((((((...((((...)))).((....))....((....((((((......))))))..))(((((.((((..(((................)))..)))))))))))))))).....)))))))....))).))))).))....((((((....))))))..))))))))).)))).))))))...)))).))))..(((((((((((((((((..(((((..((((...........(((((((.((((((.(((....((((((.((((((((.(.(((.((.((((((((.(((......)))((((.(((((.....(((.((..((((((....))))))..)).)))))))).))))((((((...(((((((((((((((((((...(((((.......)))))......))))))).((.(((((((((..((.((((.(((((((.((((((((((((.(((....((((((((((...(((.(((((.........))))).))).))))))))))........))).))))))..)))))........((((((.................))))))....(((((((((((((.......))))))......))))))).).)))))))..)))).)).((((((..((((((((((((((........)).))))).)).)))))((((((.(((.....)))..)))).)).((((.....))))...))))))..(((....))).....(((((...((((((....((((..(((((.....(((.((((((.((((((...((.....................))...))))))((((((..(((((.(.((....)).).)))))..))))))..((((....))))..)))))).)))...)))))..)))))))))).....)))))))))).))))))...))))))).))))))))))))))))))).))..........))).).)))).))))...)))))).))).))))))..(((((.......((((((......((.(((((((....))))))))))))))))))))((((((.((((..(((..(((((.....))))).)))....))))...))))))...))))))).((((((.(((.......))).))))))((((((.(.(..((......)).).).))))))...(((((..(((.(.((((((......((((.(((((((((.....((((((.((((((((........))))..)))).))))))..)))))))..))...)))).(((((((((((...)))).))))..((((.(...((((((....(((((......((((.(..(((.((((((....)))))).))))))))......))))).)))))).).))))))))))))).).)))..))))).......)))).)))))..))))))))).)))))))))))))))))..(((((..((((.((......)).))))..))))).....)))))))))))))))))).)).)))))).)).))(((((((..((((....))))...))).)))).....)))))))))....)))).))))))))))..))))))((((((((((....))))..))))))(((.((.(((((((((..(((.(((((((...(((((((.(((((((((......)))))))(((((((....)).)))))..)).)))))))...)))))))))).)))))).....))).))))).))))).))))))))..))))))))))))))))...)))).))))))...((((((((.....))))))))...........)))))))))..)))..)))))...)).))...))))))).((((.(((((((((((.(..(((((((.((...((((((((.(((.....))).)))))))).)).))))))).).))))))(((((((.(.(((..(((....((((.....))))))).((((((((.(((((((((.(((.(((((((((((((.((.(((((((...(((((.(((((((((.(((.(...(((.(..((((.(((.((....)).)))))))..).))).).))))))))))))...))))).)))))))..((((.((((........))))..))))....((.((.(((((.(((......((((.((((((((...)))))))))))).......))).))))).)).))((((((((..(((..((((((((...((((((((...(((((.((.(((((((.((((...))))..)).))))))))))))...))((((((((.(((((...............))..))).))))))))....))))))......))))))))..)))...))))))))(((((((((.((..(((((...(((((....)))))))))).(((((...))))))).)))))))))..)).)))))))...)))))).)))))))))))).))))))))))).))))))))....((((((.(..(((((((.((.(((((..(((...(((...((((((.(.((((.((....)).)))).).)))))).))))))))))).)).))))...))))))))))))))))))))))))))))..))))).)))..)))))..)))))))))).)).))))))))))).)))).)))).))))))))))).((((.(((((((.((((..((((((((.....)))))....((((((((((...(((((...)))))...((((((((...((((......(((((((......((((((..........))))))......)))))))))))..)))))))).((((.((((((((((..(((((.(((((((.((......)).).(((((((..(((((......((.((((((......(((((.((((((((((...))))))))))..)))))....)))))).))........))))).)))))))....)))))))))))((.......)))))))))..)))...))))....((........))((((..((.(((......))).))..))))..((...))...((((((((((((..((((..((....))....))))..)))).)))))))).....)))))))))).)))..)))).))))))).))))))))))))))...))))))..)))).(((((((((.(((((((((((...(((.((........)).)))...))))))).(((((((.(((.(((((.(((....)))))))).))).)))))))((.(.(((((((((((((....(((((((.(((((((...........((.((((..(......)..)))).))))))))).)))))))....(((((.....))))))))))))))))))).))(((((...(((((((........))))))))))))....)))))))))))))))))....))))))))))).))).)))....)))))))).)))))))).))))))).)))).....(((((((((((((((((.....((.((((((((((.((((((((((((((.........))))))...)))))))))).......(((((.(((.((((..((..((((((((((((((((....(((((....)))))..))))))).)))...))))))..)).)))).))).))))))))))))).)).......((((((((((....((((((((.(((...)))))))))))...))))...))))))...((((((....((((...(((....)))..))))............))))))...))))).))))))))))))....)))))))......)))).)))))))))............))).)))..))).)))))))..)).))))...))..)))).)))))))..)))))).)))))))))).))...(((..(((((.........)))))..)))....(((....)))))))).))..)))))))))))))))))))))))......))).....))))).))))))))))).)))))))....)))).))))).))).))((((.(((((((((..........((((((((......))).)))))(((((.(((((.(((.((((((((............)))))))))))(((((((((.((((......)))).))).))))))....(((((((....)))))))((((((((...((((((.(..(((((((.....)))).)))..)))))))...))))))))..)))))))))).))))))))).)))).))))).((((((..(((....((((..((....)).))))(((((((((.((((((...(((...)))))))))...)))))).)))..................))).)))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.((((,(((((.((((...)))))))))....,((({{,||,{{{((((,,,.{(({(({.,{,,||.,||}|||{..(((.,,,,,,,|||..||||{...((((.((((((((.,....(((((((((((((((((..((((((((((((((((((((((.((((.(((...(((((((..(((((...((((.....)))).))))).))).))))...})).)))).)))))))){(.(((..(((((((((((((.(((((((((((..((..((((.((((((((((((.((((((({{,,...,{((((,,,((((((((.(((((((.(.((((((.((((.(({.(((((.,.))))),))}||||,.}}||}}.|}}}||,||}}}.}))))|||||(({{((((({{(,{{.,{||||{{{{(,{{{{{{{.|,{|||{|{||}.||||||,,|{{||((({{{{(((...(((((((.....(((((((..((((((.((((((.(((....))),,)))))..)))))).))))))),{((((((({((((.{{{.||||{...{,,,,..}||||{|||(((((((({(.{((,((({.......}))}.}}}(((((((((((((((((,,..,,..,{{{{..,.((((((((.(({.(.(((((((((..(((.(((,(((({((((((((((.{{(((((((((...((((({....,(((((((((((,..,.,(((.,.|{{{...,},.((({....})))..........(((....)))..)))}.)))},)))))))))))))))).))))))....(({..((((((((({...||||({{{,|,|((({(({{{{(({{{{...{||||,|||.}},}..,|}}}}}}.}|,}},}))},})||||.{((((....))))}..}}))}))))))))))..}))....((((((.((..((.((((((,.{{({{{{,,.,,....(((({...}||)),||,,,|{{{,.((({|.||{.,}})}|{(((((((....))))))))},.{((((.((((((.(((((..(((((,....((((((.((((((((((..(((((..((,,(((..(((....)))..))))))..).)))).))))))..))))..))))))((((((((,,..{{{{{(({...{{{{..((((((,({(((((.((((((((.(({((((({{{{{{{{..{{{{,,,..,)}.),)),}....)))))))).}||}||||..,,.)))},)))}}))),)).}))}),}}..})||||(|(|(((((((((((,{((((((((.{(,,.((((...((((({((..(((((...)))))...))))))))))).)))))))))}.,})))))))).}},}.)}}}})}}))))))).,.)))))..)))))))))))...))))||.....},.))))))),)).||(((.(({...))))))))))))).))..)).))))))....))))))))))))))}.........((((((({.....,,.).))))))).{{,.(((((((..((((((((.(((((((..(((...((((....(((((((((((..((.((((((....((((((((((((((((,,,,........(((((,..........))))),((((.((((.(((.((((((((...)))(((((((((.....(((((((.{{.((((((((,.{(((((..{((((((,,,((((,,(((..({(((((((.,.....,)))))),.((((((((((((.,((((((((((((..(((.....(((,{(((((..((((.{.((....}),).)))).)))))))))((.(((((..((((((..((((.{{(({,....))))}))))..))))))..))))).)).........,.))))))))).)))))).,..)).),}))))))))(((.(((((((.,((((.(((....(((((((({...})),})))))....))).)))).,.))).)))).))).{{.{{(,,,,....}})))))}.)))))))){{{(((((((((((((.{,.....,,{{{{,...}}}..,},.}}})))))))))).).))))).))))))).))))))))))).,))).}}.)))))))((((....))))...,...))))))))))))))((((.((((.(.(((.....))).).))))))))..))).)))),,,)))).))))).))))))))))))))))))).)))))))).))).{((....)))))))....(((,,(((((((.((((((..((((((....)))).)).)))))).)))})))).).))))))..)))))))...))))))))..))))},...))).,}}).))})))...)}}...)))))))))}}))).)))))))).,,|)))))}}.....))))))))).((({..{|||,,||,,{{{{.......),))})))}..))))....)),.,)))))))}....,,.,))))},,..))}})}},,,.))))}))),,|{{(((.((.,..(...,,{,{{,{||||}||,{{,.,((((((((,,..{|{(((||,.})))}|},(((((((((..{,,,..,,|||||.,{{{{,{{{{{{..,{((({({.,,,,.,(((,,,.,,,...((((((((((.(({.,((......))))).))))))))))...,,..,,}}||.,,,}||||||{|||||||||,||,||{|{{,,,,,{{{{{.,,,,}|}|,{{{,.,,|{|{{{|||,{{{(,.,|,||||,}||,||||||,||{,||||||||,{((|{{({({(({.{{,|,,|.}}}}.}}},,.((((((......)))))}..,..,.|||||,|||{|||||(((((,...}}|||,,,,.,,}}|,,,}}||,|||.{||{(|||,|||,,,,.}}|||,,,,{{{{|||{,,|}|.{|||||,.{,{||,,}|{||{|{||{|||||||||||||{({({((({.....||||{{,...||{,|.|||||{||||((({(({{.(((,..((((((,,(,((({.{((((((((({(((((((((....))).......(((..(((((((.(((......))).))))))).)))||||||{}||||}}}}.,,,||,..,{{|||||||..{{{{{({(((,(((((((.(((.....))).))))))).}},.,,|||||||||,||,|||}}})}|,}|.||.,||{||,|||}|,|||||}||,,{(((((({(,,,.}||||||.||||||{.}}}))}.,,,,,.||||||}.||..(((((((.((..((((.((((........))))...))))..)).)))))))..}))))))||...,)))))))|||||.||},}|||(((({{({({((({{..||||,|,..(((({,,,,{(,,.{,||||,||||||......{{.((((.((((.((.(((.((((((((..(((.((...((((((....)))))))))))..)).))))))))).)).))))))))})|||||........{,,,.,,)))).)))}))}))))}))},}.((((((......))))))..,{{((((,(((({{...{(.{{{.{({{{.{..|||.{{{{{((({{.,.(((((....)))))..,,...{{{{...)))).,..{{{{{(,,..}}|}||{.(((((((((..(((....{{..{(((.((((((((.({{.(((...,.|||.,,(((((..((.((((((((...{(({(,(...{{{{{{{.,,)}},.}))).})))),,)))))))))))))))))}}|{{{......)))}.))))}}))).)))).},))).))))))))).))})))})))),))),,|,|||}}...}},)))))}||{{,||||||,({(((((,((.((((({{{{.{{{||{,||{}}{||,|||||((({{,,{|,.,|||||}.}})),,)}))|||((((((.((({...((((((((((...(((.(((((.........))))).))).))))))))))........))).))))))..}},))}}}}}.{{|||}}}|,((((({{,.(((((,,({({{{,||(((((((((((((.,.....))))))......)))))}|,,(({{(,{(({(((,...{{|||.,|,{{..{{||||||{,.,)))),,)),)}}}|,|||||||||||||},||{.({(((((((.{,{.((((.((((((,,,,...,|||,.(({((({...{|,{((,...})))..}}...)})))))..|||}}...},)))))).)))),),))))))}.,,.....{{{{{{,{(({(,,..........,,.((((({..{{(((,(|({{,..}}}).))),),,))))))||||||}|||..||}|}}}}))}..))),}}})))))))}}.((((....))))...{{{{((((.{{...,,))})))..}|||.|||||||{{{.((((.(((,,(({....,,,,)}},))))))).||||{||||}}||{}},.)))|||||{...,.)))),,,|||||..((((((....))))))((({,,,.|,.||}((((((.((((..(((..(((((.....))))).)))....))))...)))))),|,},||,},.}}|)||,{(({{,....,))}))|||||||||||||||||}.{(((((,{(({((((((,,(({((({(({{{{{.||{||,{||||.{,,,,(({((((((,,,,,,{{(((.({(((((({{..{{{{||||{{||||.}},}}}..|||}|||,|||,..}|||,.((((((((({...}))}{||}||{{{|}|||,}}}}}))....||||||.}}}}||{|.|..|||,||||||,,,,)))))).)))})))),,,,.,,{}|||,||||}||,,,,.|}||||{||||((((((.(((.(((((.......))))).((.((....)).)).)))}))))),.,.}}|||{|,,||{{.||,,,,,.)}.}|||,,|||||...,.{{|||({{{,{(((({{(....}).}}||{|||||||.,.(((((.,{((,,{((((((((((..........)))))).(((((((...)))))))....||,||,,{{{{,{{(({.{,||||,..|||||{{||}.}}{{((((({,.(((.(((((((...(((((((.(((((((((......)))))))(((((((....)}.)))))..)).)))))))...)))))))))).))},.,|,,....,||{{{(((((({(((({{.(((((((((({.(,((,(((...}},..}|,|,}}}}|||||||(,{{.,}}},,})),}}....,,,}.)}}}}}.,}||||,|}|||||||||{{{{,((((((({,((((,(((((((((((....(((((((,((...((((((((.(((.....))).)))))))),)).))))))).).))))))||{{{((,({(({.|{{{,...((((.....))))}}}|||{{{({(|{{{{{({||{{{{.|||{{{{{{{(({,(({(((((((...(((((.(((((((({{(((.(...(((.(..((((.(((.((,...)),))}))))..).))),).))))))))))))...))))).)))))))...|||,|{|{........)})}},)))}}}}.||}|{}||||{}||{.|}}}}||||||(((((({...})))))))))))}}.....)))}))))).))}))||{|||{,..|||,.{|||||{{,,,||{{||||...(((((.((.(((((((.((({...})))..)).))))))))))))..}))||{{{{{|,|||||.......,,,,},..)),,}}),)}})))))}},.}}}}},......,,,)))))}}),)},})))))))}|,|||||||}||..}||||.}}|}||}}..,}}},}||||.{(((((...)))))},.},))))}}},|||||,||}||{,.||||||{||}|||}}||||{|}},))))))}})))))}}),,,}||||||,.,}||,||||,||}|||||..|||,},||{.,}||{|||,|,|,|||((||||||,|||},||||||,},)))}|)}})))|||.||||{{.,||{}}}}}})}))}}}))}},)))}.(((((((((....))))).)))).))),,.}}.)}}||}|})})}|||})}}}}))}))))||||}}},|||||||((((,,{{{{{{{{{{{(|{|{|..,,,,.}))},)))}})))}.}})))}.)))),}})))}||((((((...((({.....{(((((((......((((((..........))))))......)))))))))))..))))))}}.((((.((((((((((..(((((.((((((..{(......)).}.(((((((..(((((......((.((((((....{{(((((.((((((((((...))))))))))..))))).},.)))))).))........))))).)))))))....)))))))))))((.......)))))))))..}))...))))....{{,.....,.})((((..((.(((......))).))..))))..||,,.)}...((((((((((((..((((..(,....,}.,..))))..))))}})))))))..,,.))},))))))).)))}))),.)))))))))})))})))||{{{((({|||}}|.|||.((((((((((.(((((((((((...(((.((........)).)))...))))))).(((((((.(((.(((((.(((....)))))))).))).))))))).,...(((((((((((({....(((((((.(((((((.{.{{{..,..{{.({{{..{....,,}.,})))}})))))))).)))))))...,(((((.....)))))))))))))))))),.}|(((((...(((((((........)))))))))))),...)))))))))))))).))))..)))}))}})})})}...},}}}}),,,))))),)))))))}))),|||.,}.,..,..||((({...||||||....))}}|.}|||||||||}{|||||{{{|{|||}|},,,,},)))))},,,)}}}))))},}},..}}||{|,,|||}|{||},||,.|||||(((((((((((.,..(((((....))))).,))))))).)))).,))))))}},,|||||,|||{|||,||||||||,.,.....}}}},{((((((({{..,,||||||.||.,,.,,}}})))),)}}}))))}},)))),},).|}))|))))}}|,}}}}|||},..))}..,,||,.....,.}))}))}).))))))))).})}}}}}}}})))))})))}}}}}}},.})))),,,||..},..)}...,,....))),)))..))).)))))))..)).))))..,))..)))).)))))))..)))))).)))))))))).}}...(((..((((({(,....}})))))..)))....{{,.,...))))))).))..)))))))))))))))))))))))....,.))).....))))).)))))))))|}.||}}}}},,,.}}}}.))}}}.)))},)}}||}{((((((((..({{{.,,.{(((((((......))).))))}(((((,(((((,,{{.((((((((,,..........))}))))))}((((((((((.((((......)))).)))}))))))){{{((((((({{..,,)))),||||||||...((((((.(..(((((((.....)))).)))..))))))).,.)))))))),,)))))))}}}.))))))))|||||{.,},))}))))))},..{{{..(((({.,({{|.||...,,(((((((((.((((((...(((...)))))))))...)))))).))).................}),)}))))))).}}.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001897.5 NCBI
GCGCCCAGGAGCAGAGCCGCGCUCGCUCCACUCAGCUCCCAGCUCCCAG… 8290 nt 0.6352
Summary

A human melanoma-associated chondroitin sulfate proteoglycan plays a role in stabilizing cell-substratum interactions during early events of melanoma cell spreading on endothelial basement membranes. CSPG4 represents an integral membrane chondroitin sulfate proteoglycan expressed by human malignant melanoma cells. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CSPG4 mRNA was positively correlated with miR-21 levels in all subjects [Miguel-Hidalgo et al. DOI:10.1016/J.Pnpbp.2017.08.009].