Basic Information

Symbol
CSPG5
RNA class
mRNA
Alias
Chondroitin Sulfate Proteoglycan 5 NGC Acidic Leucine-Rich EGF-Like Domain-Containing Brain Protein Chondroitin Sulfate Proteoglycan 5 (Neuroglycan C) Neuroglycan C CALEB
Location (GRCh38)
3:47562238-47580792
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006574.4
Sequence length
2154.0 nt
GC content
0.5910

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-899.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -937.18 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 540.38
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001206942.2 NCBI
AGUCCAGUGAGGAAUAACUGUAGAUAAGAUGAGAUGAUGGGCAUUAAGU… 2236 nt 0.5380
NM_001206943.2 NCBI
AGGCGCGGCGCGCCGGGGACAGCGGCGGACGGCGGCGGCGGCGGCAUGC… 2235 nt 0.5888
NM_001206944.2 NCBI
AGGCGCGGCGCGCCGGGGACAGCGGCGGACGGCGGCGGCGGCGGCAUGC… 2078 nt 0.5934
NM_001206945.2 NCBI
AGUCCAGUGAGGAAUAACUGUAGAUAAGAUGAGAUGAUGGGCAUUAAGU… 2317 nt 0.5378
NM_006574.4 NCBI
AGGCGCGGCGCGCCGGGGACAGCGGCGGACGGCGGCGGCGGCGGCAUGC… 2154 nt 0.5910
Summary

The protein encoded by this gene is a proteoglycan that may function as a neural growth and differentiation factor. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2011]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that a single methamphetamine injection significantly altered the CSPG5 mRNA expression in a brain region- and time-dependent manner, with a decrease in the medial frontal cortex at 24h, an increase in the amygdala at 9 and 24h, and a transient decrease in the habenular nucleus at 1h [Numachi et al. DOI:10.1016/J.Neulet.2007.07.025].