Basic Information

Symbol
CSRNP1
RNA class
mRNA
Alias
Cysteine And Serine Rich Nuclear Protein 1 TAIP-3 FAM130B URAX1 AXUD1 Cysteine/Serine-Rich Nuclear Protein 1 TGF-Beta-Induced Apoptosis Protein 3 Axin-1 Up-Regulated Gene 1 Protein AXIN1 Up-Regulated 1 DKFZp566F164 CSRNP-1 Cysteine-Serine-Rich Nuclear Protein 1 Protein URAX1 TAIP3
Location (GRCh38)
3:39141854-39154852
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_033027.4
Sequence length
3164.0 nt
GC content
0.5872

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1353.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1408.49 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 803.92
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001320559.2 NCBI
GGAAUGGAGGCCAACGUCAAAGCCAGCCUGUUCCCCAGAGUGCCUGGCU… 3315 nt 0.5798
NM_001320560.2 NCBI
AGGCUCCCACGAAGGCUCCCUGGAGGAGGCAGUGCAAGCUGAGCCCUUA… 3155 nt 0.5769
NM_033027.4 NCBI
AGUCUCCCGCCGCCGCCGCCGCUGCCGGACGCGCAGAGCGAGGGGCGGC… 3164 nt 0.5872
Summary

This gene encodes a protein that localizes to the nucleus and expression of this gene is induced in response to elevated levels of axin. The Wnt signalling pathway, which is negatively regulated by axin, is important in axis formation in early development and impaired regulation of this signalling pathway is often involved in tumors. A decreased level of expression of this gene in tumors compared to the level of expression in their corresponding normal tissues suggests that this gene product has a tumor suppressor function. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Feb 2016]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the CSRNP1 gene was overexpressed in menstrual blood-derived mesenchymal stem cells from women with endometriosis compared to healthy controls [Penariol et al. DOI:10.3390/ijms231911515].