Basic Information

Symbol
CSRP1
RNA class
mRNA
Alias
Cysteine And Glycine Rich Protein 1 CSRP D1S181E CYRP Cysteine And Glycine-Rich Protein 1 Epididymis Luminal Protein 141 Cysteine-Rich Protein 1 HEL-141 CRP1 CRP Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Epididymis Secretory Protein Li 286 LIM-Domain Protein HEL-S-286
Location (GRCh38)
1:201483530-201513100
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004078.3
Sequence length
1820.0 nt
GC content
0.5571

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-695.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -728.63 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 441.33
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.............(((.(.((((((.((((.(((.(((...((((((((((((((.(((.((.(((.(.((((((((.((..(((((((.(((((....))).(((..((((((((((....))).).))))))..))).)))))))))..)).)))))))).).)).).)).))).......))))).))))...(((...((((((((.(((..(.((.....)).)..).))))).)))))....)))...((((....)))).))))).)))))))))))))))).).)))............(((((((((((((((((............(((((...(((...(((((...............(((........))).(((......((((((((((...(((((.......)))))..(((((.....((((((((((((.((((((.(((((((((....((((.((((((((..........(((((....))))).)))))))).)))).(((...))).......(((((((((((......((..((((.((.......((((((..(((((....))))).))))))(((((.((.(.((((....(((((((((...)))).)))))......)))).)...)).)))))))))))..))...)).)))))))))..))))))))).).(((((....)))))))))))))))))).)))).))))).((..(((....)))..))..((((((((...(((((((........)))))))))))))))((((...(((......)))((((......(((((((........))).))))..))))...(((((...(((((....((((((.((.(((((...(((((...((((.((((((.......((((((((((((((((((((((((((((....((((.((.......)).))))))))))......((.((....)).)).))))).)))))((((((((.(((((........))..((((.((((((((((.(((.(((((..((((....(((((......))))).((((((((((((((((.....(((((.((((((.......)))))).....((((((.((((((((......((((((((((((((.(.((((..((....((((((....))))))))..))))).))))((((((((.(((..(((((.....(((((((.......)))))))...........(((((...)))))((((..(((((((.(((((.((((((((....((((.(((.....))).))))))))))))..))))).)).)))))........)))))))))..))).))))))))..........))))).))))).....)))))))).)))))).(((.((((((((((......))))))))))...)))))))).)))))).)))).((((.(((..(((((((...)))))))..))).))))........))))))......((((....))))...............))))))))).))))))))).)))).((((.....))))............)))).)))...)))).)))).....)))))))))))))))).))))))..)))))..)))))..))))))))...)))))..)))))..)))).........))))))))))..)))...)))))...)))..))))))))))).))).)))))))).(((((((..((((....))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.............(((.(.((((({,((((((((.(((...((((((((((((((.{((,({.(((.(.((((((((.((..(((((((,.((((....))),(((..(((((({(((....))).}.))))))..))).})}))))))..)).)))))))).).)).},||.}}}.......))))).)))).||(((...((((((((.(({..(.((.....)).)..,.))))).)))))....))}..,|(((....))),.))))).)))))))))))))))).).))).,...|.....,(((((((((((((((({..,{{...,((..,,,|}|((((...))}},..,,{{{..,,...,(((........}||,{....|.,,||{((((((,.|.(((((.......)))))|.(((((.....((((((((((({{((((((.(((((((((,...((((.((((((((..........{((((....))))}.)))))))).)))).(({...}))....,..((((((((({{.....,((..((((.{,.......((((((..(((((....))))).))))))(((((.((.(.((((,...(((((((((...)))).)))))......)))).,...)).)))))},)))),,)}...}}.)))))))))}.))))))))).).(((((....)))))))))))))))))).)))).))))).((..(({....}))..))..{{(((({,..{(({{(((,,,{{{..|||||||||||||,)|{||,.}||,},,,,,))),,||}}}}}}|||||{{.,......}}}.}}}},.}},}.||(((((,,.{((((....((((((.((.((((({(.(((((...((((.((((({......{((((((((((((((((((((((((((((.,,.{{{(.({....,,.}}.}))))))))).,{,{{(,.,|,,,,)).}}.)))))}.||||{((((((({(((((.........,.....,.((((((((({{(((.(((((,,{(((....(((((......|||||.(((({{(((({{{{{,..|,,(({{|,{{{|||.|....,)))))|..,{.({(({,.((((({{{....,,(((((((((((((,{(.(((({{((.{..{{{{{{,,,,))))}},)}.)))))}))))|(((((((.(((..(((((.....(((((((.......)))))))...........(((((...})))),{{{..((((({{.(((((.(((((((({,..{{((.(((.....))).))))))))))))..)))}}.}}.)))))........,}}})))))..))).))))))),..........,}}}}||||}}.....}))))}}|,||||||.(((.((((((((((......))))))))))...))),))}},||||}},|}}}.((((.(((..(((((((...)))))))..))).))))..,....,}))))),..,,.{{||..,,))))..,,,,,.,......))))))))).))))))))).)))).{|||,}}},|||}..,}}..{,,...,}}.)))},.}))),})))}....)))))))))))))))).))))))..))))).})))))..))))))))...))))),.)))))..}}.,....,,..,}))))))))),,,}....))))))},})},,))))))))))),,)).)))))))).(((((((.,((,,....))},))))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001193570.2 NCBI
AGCCGCCACUUCCGAGAGCGCCUGCCGCCCCUGCGCCGCCGAGCCAGCU… 1802 nt 0.5572
NM_001193571.2 NCBI
GUGCGUGACCCAGGGCGACCCGGCUCCCCGCAACCGCCUGCAAGUCGGG… 1982 nt 0.5621
NM_001193572.2 NCBI
AUCCUUUAGAGUGCCUAGCACAGGGCUGAAAAUGCAGCAGCUGCUCUGU… 1918 nt 0.5516
NM_004078.3 NCBI
AGCCGCCACUUCCGAGAGCGCCUGCCGCCCCUGCGCCGCCGAGCCAGCU… 1820 nt 0.5571
Summary

This gene encodes a member of the cysteine-rich protein (CSRP) family. This gene family includes a group of LIM domain proteins, which may be involved in regulatory processes important for development and cellular differentiation. The LIM/double zinc-finger motif found in this gene product occurs in proteins with critical functions in gene regulation, cell growth, and somatic differentiation. Alternatively spliced transcript variants have been described. [provided by RefSeq, Aug 2010]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.