Basic Information

Symbol
CSTF2
RNA class
mRNA
Alias
Cleavage Stimulation Factor Subunit 2 CstF-64 Cleavage Stimulation Factor, 3' Pre-RNA, Subunit 2, 64kD Cleavage Stimulation Factor 64 KDa Subunit CF-1 64 KDa Subunit CSTF 64 KDa Subunit Cleavage Stimulation Factor, 3' Pre-RNA, Subunit 2, 64kDa Cleavage Stimulation Factor, 3' Pre-RNA, Subunit 2 XLID113 CSTF64
Location (GRCh38)
X:100820369-100841523
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001325.3
Sequence length
2570.0 nt
GC content
0.4786

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-817.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -869.91 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 573.38
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001306206.2 NCBI
GCACCGGAAGCCGACUCAACAGAGCUAUGGCGGGUUUGACUGUGAGAGA… 2630 nt 0.4821
NM_001306209.2 NCBI
GCACCGGAAGCCGACUCAACAGAGCUAUGGCGGGUUUGACUGUGAGAGA… 2519 nt 0.4776
NM_001325.3 NCBI
GCACCGGAAGCCGACUCAACAGAGCUAUGGCGGGUUUGACUGUGAGAGA… 2570 nt 0.4786
Summary

This gene encodes a nuclear protein with an RRM (RNA recognition motif) domain. The protein is a member of the cleavage stimulation factor (CSTF) complex that is involved in the 3' end cleavage and polyadenylation of pre-mRNAs. Specifically, this protein binds GU-rich elements within the 3'-untranslated region of mRNAs. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in rhesus macaques demonstrated that chronic ethanol self-administration broadly altered brain transcription and splicing, where the CSTF2 was identified as a negatively correlated gene in the central nucleus of the amygdala, associated with splicing-related functional categories [Iancu et al. DOI:10.1111/Adb.12501].