Basic Information

Symbol
CTBP2
RNA class
mRNA
Alias
C-Terminal Binding Protein 2 Ribeye C-Terminal-Binding Protein 2 CtBP2
Location (GRCh38)
10:124981657-125163006
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001329.4
Sequence length
6989.0 nt
GC content
0.4272

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1977.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2109.98 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1740.18
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.((...((((((.(((((((((((((((((.....(((((((((((.....))))..((((.((((((((((((..((.(((.((..((......))..))....))).))..))((.(((......))).)).((.(((((.(((((....))))))))))..))((((.....)))))))))))))).))))..(((.((((((.........)).)))).)))(((((....(((((......((((((...(((((...)))))...))))))....))))).......))))))).))))).((((((((((((((((((....))))))).)))..)))))))))))))).)))))))))))..(((((((((((((((..((((((...))))))((((((((((((.....)))))..))))))).((((.....))))..(((((((((...(((((((((((..(....)..)).)))....))))))..((((((...((.(((..((....(((((.((.(((.(.(((((....))))).).))).))..)))))....))..))).)).))))))..(((....)))...(((((...)))))(((((((.((......)).))))))).)))))))))..(.(((.....))).)(((.((((((.((((((.((((..........((.(((((.....))))).))...(((.(((((((......(((.....)))...))).)))).)))....)))))))))).))).))).))).((((.((((..((((((((....((((((..((((..((((.((((........)))).))))))))....(((((...........)))))....(((.(((...))).))).))))))..)))))))))))).))))((((.((...(((.(((((...))))))))...))))))......)))))(((((((((.(.((..(((((((((((.((...((((....)))).)).))).))))))))..))).)))))))))................)))))))))).((((((....))))))..(.((((((((((((((........(((((((((((((....(((((....)).))).((((...)))).....................(((((((..((.(((((...))))))))))))))((((((....))))))........(((((.((.(((.(((((((.(((((((((((((((((.((((((...)))))).((((.(..((((((((..((((((.((.((((.((((((......))))))))))..)).))))))....((((((....(((((((.(((.((((.(((((.......))))).).))).))....).))))))))).)))))))))).))..)))))...((....))..(((((((((((.((...............((((((.(((((....)))))))))))((((((.((((((.......)))))).......((((.(((((((((((((((((......((((..((.((...((.((((((((((((((.(((((.....))))).)))))(((.((((((...(((((..((.......(((...)))......))..))).))...)))))).)))......(((((........(((.........))).......))))))))))..))))))....)).))((.((((....)))).))..((((.((((...(((((((.((............(((.....)))............))...))))))))))).)))).)))).......)))))))))).))).))).).)))).......((((.(((..((.......))..)))))))......)))))).....)).)))))))))))..((((((......)).))))...))))))))).........((((........))))...............)))))))).)))))))))))).))))))))))))))))))..((((((((((((...(((((...............)))))..........((..((((((...((.(((((((((((((((((...)))))))).))))))..))).))))))))..))......((((.((((..((((((((.((((((((......((((((((...))))))))....((((...((((..((((((.((((((....)))))).((((......))))..((((((((((..((((((((..((((.....))))..))))))))...........((((((................))))))(((((...)))))(((((....))))).........))).)))))))....((((((......(((((.....(((((((((.....)))))))))..............((((((........)))))))))))...))))))..(((((((..((((((.(((..........))).))))))))))))).))))))..))))...))))((((((.(((((((((...(((((((.((((..(((((((((......(((((((......)))))))......)))))))))(((((((((((((.((............(((((((((((.......(((((((((((((..((((......))))......(((((..((.((((((((.....))).....))))).))))))).))))))..))))))).......((((((((((((((((((((((((.((((.(((......))).)))).)))))(((((((.((((.((((.((............((...((((......))))...))...............)))))))))))))))))((((.....)))).......((((((((......))))).)))......(((((((((...((....((((....))))))...)))))..)))).(((((((.....(((....)))......)))))))............)))))))..((((((((((.........(((.(((.....))))))..(((((((((..........................(((((((((........))))...)))))))))))))).........)))))..))))).........((((((((((((((((.((..(((((((.((.....................(((((((......))))))))))))))))..)).).)))((((((((((((((((.(((((((((((...(((((........)))))...))))).......))).))).))))))))..........(((..........)))..)))))))).....))))))))))))....))))))))))))......((((.((((((..(((((...)))))((.(((((((..((..((((...(((((.((((((((.......)))...))))).)))))((((......))))...(((.....))).(((......)))...(((((.(((..((((((..............)))))).....)))...)))))..(((......)))(((........)))))))..))))))))).)).....((((....(((..((((((......))))))))))))))))))).)))).................)))))))))))((((((((((((.((....)))))))........)))))))((((....))))....(((((((((((....)))))))))))...(((((((.((((..((((........(((((.((((((((..(((...((..........)).)))..))))))))..)))))((((.((((....)))).))))....(((((((.....)))..))))....(((....))).....))))...)))).)))))))...........(((((((....(((.((((..((........)).)))).)))(((((...))))).....))))))))).))))))).......)))))).(((((((((.........)))).)))))...........(((((((((....)))))))))...((((.......(((((((((((((((...((((.((........................)).))))((((((((((((.(((((.(((((((((((((((...(((.....))).(((((((.......)).)))))(((((((.((((...)))).))(((...(((((((((((((..(((((...............)))))))))))(((((((.(((...((((..(((((((..(((....(((((((.....((((.((.(((....))).)))))).....(((((((((((((((((((((....)))))..........)))))))))((((((.....((....))....)))))).............((((.....)))).........))))))).............(((((.........)))))...........((((((((.(((((.(......).)))))..))))))))(((((((.((((((((((.............)))))))))))))))))....(((((......))))))))))))....)))..)))))))..))))..)))))))))).(((((...............)))))..........))))))))))...................)))))((((((.((.....)).)))))).))))))))).)))).)).)).))).)))).)))((((((((((....))))))).))).)))))....)))))))))))....)))).......))))...(((((((((...........))).)))))))))).))))))).))))).....)))).)))))).........(((((((........(((((.(((.((((((...(((..........)))....))))))...)))))))))))))))....................(((((((........)))))))...........((((((.............)))))).......)))))))).))))))))..)))).)))).....(((((......))))).((...(((....)))...)).)))))))).))))......(((....)))..))))))))).))))).).....(((((((((.(((((((((((((......(((((.....)))))....))))))....))).)))).)).)))))))(((((......)))))..........(((....))).((((...))))........(((((.((((((((((((..(........)..)))))))......))))))))))..................))))))...)).)))))....(((((((......((((.((((...(..(((.(((((......))))))))..)...))))..)))).(((.(((((((...((((((((((((((((((((((..(((((((((....(((((((((......)))))))))(((((((....((.((.....(((((((((((((((..(((((((((..(((((((.((((..((((((((.....)))))))).......)))))))))))..))(((((((((.....))).)))))))))))))(((..(((((((((....))))....(((((.(((((((......))..))))).)))))...(((((...((.((......)).)).)))))...(((((((.(((((.((((..(((((((..((((.(((....))).))))..)))))))..)))).)))))..............))))))).......)))))..)))......(((.((((((..(((((((.(.((((.....))))(((((((((...((.((....(((......)))...)).))..))))))))).).)))))))..)))))))))......)))))))).((((..(((((((((.(((.(((((((((((((......(((((((..(((((.......(((.....))).(((((.((....(((.(((.(((..(((((.(((...)))......)))))..(((.(((((.((((((.((.(((((((...((((...))))...)))).....))).))))))))..))))).))))))))).))))))))))(((((((.......)))))))..................)))))..))))))).))))))))))))).))).))))....))))).)))))))))))...)).))...))))))).(((......)))..(((((((..............))))))).))))))))).)))))))......(((.(((....))))))..))).)))))))))))).............(((((....)))))..............))))))).))))))))))..(((((((((((..............))).)))))))).......(((....)))((((((...(((..((((.(((((....))))).))))....)))..))))))...(((((.((((...((((((((((.........)))))...(((((((((((...)))))))))))................)))))...)))).)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,,,,{(((,((,((({,((((((((.((((((..{(((((((..((((((.((.((((((.....))))).))..))))))..))(((((.(({...}}),.(((((((((((((.(((((.(((((..(((((((((((((((((.(((((....))))))))))..((((((((.((((((((.(({,(({{{{...})))}}||}|,.,{(({(.((((((.....))))))}).))||((..,.,.((((((...(((({...))))).,.))))))...,||}||.....||.}|,..}})).}),|((((((({{{(((((((....))))))).}}}..)))))))}))))))))..,,..((((....)))).(({{((.((((....)))).))),}||,..(((((((((((((.{.......(((..((((.....))))..)))(((((((..(((((((((,,..{....,..}),}})....))))))....))))))).,.))))))).))}.))).....))}..)))))))).))))))))..))))..))))),}....,,(((((...(((.(((((((((.((((((((((({...|}|}}(((((((.((....,,)}.}))))))...|,,,....)))))))...,{..,{(((.((((((.((((((.((((.........,((.(((((.....))))).},.{,{((.(((((((....,,{((.....)}}...))).)))).)))....)))))))))).))).))).))).||||,((((..((((((((....((((((..((((..((((.((((........)))).))))))))....(((((...........)))))....(((.(((...))).))).))))))..)))))))))))).}}))((((.((.,.(((.(((((...)))))))).,.)))))).,,.((((((.(((((((((.(.((..(((((((((((.((...((({....)))).)).))).))))))))..))).))))))))).,.....,,,,,)))}))...))))))))))))..))))))))).))))))((((((((((.,......(((((((((((((....,,{{{..{{||,,,,.,|||,.,))},,,.....,.............(((((((..((.(((((...))))))))))))))((((((....)))))).,...,},(((((.((.(({{(((((((.(((((((((((((((({.((((((...)))))).((((.(..((((((((..((((((.((.((((.((((((......))))))))))..)).))))))....((((((....(((((((.(((.((({.(((((,......}}))).}.))).)}...,),))))))))).)))))))))).))..))))),..,,,,..,,..,{(((((((((.({....,..........{((((,,(((((....))))))))))|((((((.{(((((.......)))))}...,...{(((.(((((((((((((((((......((({..{{.((...((.((((((({((((((.(((((,...,))))).)))))|((,((((({...(((((,,((.......{{{...)})......))..))).))...})))))})},......(((((........(((.........))),......))))))}))),.})))))....)).}}((.((((....)))).}}..((((.((((...(((((((.({,....,......{((.....))}............))...))))))))))).)))).)))),......)))))))))).))).))).).)))}.......((((.(((..((.......))..)))))))......)))))),....}}.)))))))))}}..{{((({....,....)))},,,))))))))).,,{{,...((((........)))}....}},........)))))))).)))))))))))).))))))))))))))))))..((((((((((((...(((((........,......))}},..........,{..((((((...{(,{{,((((((((((((((...)))))))).))))))..,)),}}))))))..}}......((((.((((..((((((((.((((((((.,,,,.((({((((...|||||}}}..,,{{{(...{(((..((((((.((((((....)))))).((({......))))..{(((((((((..((((((((..((((.....))))..))))))))......,,.,,{|{(((................||||},{(({{...})))}{{{{|,,,,}}}}},........}}}|}}}|}}}..{{{{(({{,.....}))))),...(((((((((.....)))))))))........{{{{{,{(((((.......,))))},.,{{,...,,|}},,,(((((((..((((((.{{{..........}}}.))))))})))))).))}}})..}}}},..}|||{{{{{{.{{{{,{({{...((((({(,(({{,.(((((((((.,,...(((((((......)))))))...,,.))))))))),|,,|((((((((....})))))}}...(((((((((((,,.....((((((({(((((,.((((......)))).,....(((({,,{(.(((((,,{.....,})}....))))).))))))).}))))}..))))))).......(((((((((((((((((((,((((.((((.(((......))).)))}.))))|((((((,{((((.((((,{(,,{,,{,,.....,,,,{,.....,,}}}},,,.|||,......,,.||..}})))))))))))))))|{((.....)))}.,.....((((((((......))))).)))......{(((({((({{,.({{{{({,,.....,,|||.,.,,,,,..)))).,,{{,,,...}}|||,.,}))),..,}}},,}|||,....,,,,...)))))))..((((((((((......,,,((,{(((.....)))))},}||{((({(({.,......................,((((({{{{.,,,,,,.))))...)))))))},})),}.........}))))..)))))..,......((((((((((({,{{{.{(..((((((((({.,,,,................,,{{{{{......,}})))))))))))))..}},|{|||((((((({((((((({,({{{{{(({{,...{{|||........|}}||..,,}})),,,..,.})).))).})))))))..........{{{...,....,,,.,..)))))))).,,,.))))))))))))}...))))))))))))......((((.((((((,.(((((...)))))((.(((((({.,((..((((.{{{,{{,.((((({({...,,,,}}..{{||,||{|,,.,((((......}}))...||,..}}})})}|||,,|,.,,,,...||{{({{{({{,{{,((....},.......,))))))....}})),,||}..}..(((......)))|{,,,,,,..,)),))))..))))))))).)},,...{(((....{{,..((((((......)))))),}}}})))))))).))))..............,,,)})))))))))(({{{{{{{{{{.((.,..||||||||,......,|}}}}}|{((....))),....(((((((((((....)))))))))))...(((((((.((((..((((........{((((.((((((((..(((...,,..........},.)))..))))))))..))))|((((.((((....)))).)))),,..{(({,{(,....,,}..}})}.,..{{{..,,}},.....))))...)))).)))))))..........((((((((....{{{.((((..((........)).)))).}}}(((({...,)))).....)))))))),,|||||,....,,,.})))},.(((((((((.........})))))})))...........(((((((((....)))))))))...((((.,.{{..(((((((((((((((...{{((.{(,,......................||,}}}}{{{{,(({((((.(((((.(((((((((((((((...(((.....))).(((((((.,.....}},,))))((((((,.{|||,.,}}}}.||{{{.,,|||(((((((({{..(((,,....,||,.....,,,}}}}}))|||(((({{(((((...{(({..{(({(({..{{{....|||||{{........,.{{.{{{....|||,|||||..,,,,(((((((((((((((((((((....))))}.........,))))))))){(((((.....{{....}}....)))))}.............{(({.....)))}.........))))))}.............(((((.........)))))..........,((((((((.(((((.(......).)))))..))))))))|((((((.((((((((((...........,.))))))))))))))))}....(((((......)))))))))}})...,))),,)))))))..})))..)))}}}}}||.(((((...............)))))..........,)}}))}}}}..,..||...{||||....,))))||{{{{.,{...,,)),))}}},.))))))))),))})}})}}),)})})))),)}}|{((((((((....))))))),})),.,))}....})))))))))),...}))).,.},.,))))...(((((((((.,.........)))}})))))}}})}))))))),}},,,.,,,,)}}|.}}}}}),}},,}}},(((((((........(((((.,,,.((((((...{{{.....,....))),...))))))...,}}))))))))))))...........|||,,..,.(((((((........))))))).,,.,,},...{(((((...,.........)))))).......)))))))).))))))))..)))).)))).....(((((......))))).((...(((....)))...)).)))))))).))))......(((....))),.))))))))))))))))).....(((((((((.(((((((((((((,.....(((((.....}))))....)))}))....)))))})).))}})))))){((((.....,)))),..........(((....))).((((...))))........))))).,{({..(((((.{{(((,....{,,,.,,,......}})),...))))).)))))..)}},)))))})))))).....{{{{{{{,....{{,{,......((((.((((.,.(..(((.(((((......))))))))..).,.))))..}}}),,,((((({{{{,,.,{,{,,{.,{{||{{|,|||||||||||,.,,.....,,{{{{{,,,..,,,))))))))}||||||{...,,|||,......}}{{(((({,{{{(,.{{|||||||,.((((({.{((((..((((((((.....)))))))).......))))).}))))}.}|{((((((((.....))).)))))))))}}))|}}},.,}||||||..,,||||..........||||||{,{{|,.,...,||||,||||,....{(((,,.,,.,,......}}.||,|||||{,,(((((((.,,....(((.....||},...,},)))))))..},},,,,|||||}}},,,||}}}}))}}}{{{.{|||{{{,,((((({{{...,,.{((({{((((((((({{(((.((((((..(((((((.,.((((.....))))(((((((((,...(,((....(((......)))...)).,),.))))))))).}.)))))))..)))))),)}.......}))}.})))))),..,,,,|))))|||.|||{{{{{(((((,..,..(((((((..(((((.......,,,.....,},{(((((.((....(((.(((.(((,.(((((.(({...}}}......)))))..,((.(((((.((((((.((.(((({{({,{(((,...})))...)))).....))).))))))))..))))).))))))))).))))))))))|((((((.......)))))),.................,)))))..))))))).})))))))))}}}.,,,..))).)))))))))))),))),}}}||,.|||,.,||,,,,||,|||.|,}},,,,},|(((({(,,,,..,,,.....}}}}}}|..}))))})).(({{{{||...{{{{,|{{..||..|{{.|{|{|.{{{,,|{{....}}}..))),,}}))),)))..,,..))).)}}}...}}.}})))).)))))).})|((({.,(((((({{,{,.........,,,,,)}}}})}}))}}.,.}}}}|||,,.,}},|||{{|...|||,,((((.(((((....))))).))))....}}}..)))))}...{((({.{(((...((((({{(({.........})))),..(((((((((({...}))))))))))................)))))...)))).)))))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001083914.3 NCBI
ACCUCGCCUCCCGCCUAGCUCCUGCGCAGCCAGCGGGUACCGGGAGCUG… 6948 nt 0.4210
NM_001290214.3 NCBI
AAGUUUUUGUGUGUGUGUCCCUGUGUGCGUGUGUCAUUUUAAGGUGGCU… 6986 nt 0.4301
NM_001290215.3 NCBI
AGUUGGCUGCAGAGGACCCCACGUUUAGGAUUUUAUAGGGAAGAGGAGG… 6887 nt 0.4188
NM_001321012.2 NCBI
AAACCCCGAGCGCGGCGGCGUCCGGAGGGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCG… 6845 nt 0.4216
NM_001321013.2 NCBI
AGUUGGCUGCAGAGGACCCCACGUUUAGGAUUUUAUAGGGAAGAGGAGG… 6783 nt 0.4193
NM_001321014.2 NCBI
AGUUGGCUGCAGAGGACCCCACGUUUAGGAUUUUAUAGGGAAGAGGAGG… 6884 nt 0.4217
NM_001329.4 NCBI
AAGUUUUUGUGUGUGUGUCCCUGUGUGCGUGUGUCAUUUUAAGGUGGCU… 6989 nt 0.4272
NM_001363508.2 NCBI
AUCUUGUGACAAUGGCCUCUCAGGCUCCCCAGACGCAUCAGCGGCUCUG… 6953 nt 0.4246
NM_022802.3 NCBI
GAGCACACCAGCCAGGAAGGGGGACCUGGCAGGCUGGGGACAGCCUCCU… 8471 nt 0.4654
Summary

This gene produces alternative transcripts encoding two distinct proteins. One protein is a transcriptional repressor, while the other isoform is a major component of specialized synapses known as synaptic ribbons. Both proteins contain a NAD+ binding domain similar to NAD+-dependent 2-hydroxyacid dehydrogenases. A portion of the 3' untranslated region was used to map this gene to chromosome 21q21.3; however, it was noted that similar loci elsewhere in the genome are likely. Blast analysis shows that this gene is present on chromosome 10. Several transcript variants encoding two different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2014]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the CTBP2 was identified as a potential regulator of methamphetamine reward and addiction through transcriptome profiling of whisker follicles, showing an up-down regulated expression pattern (1.24 at MASA, 0.92 at WD) and a betweenness centrality score of 0.0153 [Song et al. DOI:10.1038/s41598-018-29772-1].