Basic Information

Symbol
CTCF
RNA class
mRNA
Alias
CCCTC-Binding Factor CFAP108 FAP108 CCCTC-Binding Factor (Zinc Finger Protein) 11 Zinc Finger Transcriptional Repressor Transcriptional Repressor CTCF 11-Zinc Finger Protein CTCFL Paralog MRD21
Location (GRCh38)
16:67561831-67639189
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006565.4
Sequence length
3814.0 nt
GC content
0.4740

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1174.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1246.39 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 994.58
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001191022.2 NCBI
GACGCAGGCGCACUGCACCGCGCCGCCGCCAUUUUGUGUCUGAGCCUGU… 2853 nt 0.4725
NM_001363916.1 NCBI
UCUCACUCUGUCAAGCAGGCUGGAAUGCAGUGGCACAAUCUCAGCUCAG… 3685 nt 0.4592
NM_006565.4 NCBI
GACGCAGGCGCACUGCACCGCGCCGCCGCCAUUUUGUGUCUGAGCCUGU… 3814 nt 0.4740
Summary

This gene is a member of the BORIS + CTCF gene family and encodes a transcriptional regulator protein with 11 highly conserved zinc finger (ZF) domains. This nuclear protein is able to use different combinations of the ZF domains to bind different DNA target sequences and proteins. Depending upon the context of the site, the protein can bind a histone acetyltransferase (HAT)-containing complex and function as a transcriptional activator or bind a histone deacetylase (HDAC)-containing complex and function as a transcriptional repressor. If the protein is bound to a transcriptional insulator element, it can block communication between enhancers and upstream promoters, thereby regulating imprinted expression. Mutations in this gene have been associated with invasive breast cancers, prostate cancers, and Wilms' tumors. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2010] CIViC Summary for CTCF Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that fetal alcohol exposure induces long-lasting alterations in DNA methylation at promoter regions containing CTCF-binding sites in adult brain tissue, with 40% of examined differentially methylated promoter peaks from a key network containing these motifs, illustrating a functional epigenetic mechanism [Laufer et al. DOI:10.1242/Dmm.010975].