Basic Information

Symbol
CTNNA1
RNA class
mRNA
Alias
Catenin Alpha 1 CAP102 Renal Carcinoma Antigen NY-REN-13 Alpha-E-Catenin Catenin Alpha-1 Catenin (Cadherin-Associated Protein), Alpha 1 (102kD) Catenin (Cadherin-Associated Protein), Alpha 1, 102kDa Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Cadherin-Associated Protein Alpha E-Catenin MDBS2 MDPT2
Location (GRCh38)
5:138610967-138935039
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001903.5
Sequence length
3754.0 nt
GC content
0.4750

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1176.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1247.68 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1288.20
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001290307.3 NCBI
CUCCUCCUAGCCGGACUGGAGGGAGACAAAGCAGCGCCCGUCUGCUUCG… 3825 nt 0.4779
NM_001290309.3 NCBI
CUCCUCCUAGCCGGACUGGAGGGAGACAAAGCAGCGCCCGUCUGCUUCG… 3558 nt 0.4767
NM_001290310.3 NCBI
CUCCUCCUAGCCGGACUGGAGGGAGACAAAGCAGCGCCCGUCUGCUUCG… 3591 nt 0.4745
NM_001290312.1 NCBI
GGUCUUAACUUGUUGAUGGCAGAUGGGUGGCUUGUUGCAGAGAAGAGCU… 3121 nt 0.4559
NM_001323982.2 NCBI
CUCCUCCUAGCCGGACUGGAGGGAGACAAAGCAGCGCCCGUCUGCUUCG… 4224 nt 0.4775
NM_001323983.1 NCBI
GUUUCCUCUUGGAAAAGUUUUCUCGCGGUUUCCAAACUUUGUUACCGCG… 3945 nt 0.4867
NM_001323984.2 NCBI
CUCCUCCUAGCCGGACUGGAGGGAGACAAAGCAGCGCCCGUCUGCUUCG… 3772 nt 0.4743
NM_001323985.2 NCBI
CUCCUCCUAGCCGGACUGGAGGGAGACAAAGCAGCGCCCGUCUGCUUCG… 3727 nt 0.4738
NM_001323986.2 NCBI
CUCCUCCUAGCCGGACUGGAGGGAGACAAAGCAGCGCCCGUCUGCUUCG… 3661 nt 0.4753
NM_001323987.1 NCBI
CUUUUGUUUGGGUUUUCCAGAAGCUUUACUGUUAUAAAGCACCAUGCUU… 2802 nt 0.4568
Showing 1 to 10 of 37 entries
Summary

This gene encodes a member of the catenin family of proteins that play an important role in cell adhesion process by connecting cadherins located on the plasma membrane to the actin filaments inside the cell. The encoded mechanosensing protein contains three vinculin homology domains and undergoes conformational changes in response to cytoskeletal tension, resulting in the reconfiguration of cadherin-actin filament connections. Certain mutations in this gene cause butterfly-shaped pigment dystrophy. [provided by RefSeq, May 2016]

Forensic Context

A study in human umbilical vein endothelial cells and patient blood samples demonstrated that the CTNNA1 is significantly up-regulated in lipopolysaccharide-induced sepsis and its knockdown partially reverses the LPS-induced suppression of VE-cadherin, reduces endothelial permeability, and high expression correlates with poor overall survival in patients [Liao et al. DOI:10.3389/fgene.2022.1002344]. A study in humans demonstrated that the CTNNA1 was up-regulated by 36% in pericontusional brain tissue from a traumatic brain injury patient (T4) compared to control tissue, as identified through cDNA microarray analysis [Michael et al. DOI:10.1016/j.jocn.2004.11.003].