Basic Information

Symbol
CTNNA1
RNA class
mRNA
Alias
Catenin Alpha 1 CAP102 Renal Carcinoma Antigen NY-REN-13 Alpha-E-Catenin Catenin Alpha-1 Catenin (Cadherin-Associated Protein), Alpha 1 (102kD) Catenin (Cadherin-Associated Protein), Alpha 1, 102kDa Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Cadherin-Associated Protein Alpha E-Catenin MDBS2 MDPT2
Location (GRCh38)
5:138610967-138935039
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001903.5
Sequence length
3754.0 nt
GC content
0.4750

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1176.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1247.68 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1288.20
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001324008.1 NCBI
CUUUUGUUUGGGUUUUCCAGAAGCUUUACUGUUAUAAAGCACCAUGCUU… 2860 nt 0.4549
NM_001324009.1 NCBI
GGUCUUAACUUGUUGAUGGCAGAUGGGUGGCUUGUUGCAGAGAAGAGCU… 3171 nt 0.4554
NM_001324010.1 NCBI
CUUUUGUUUGGGUUUUCCAGAAGCUUUACUGUUAUAAAGCACCAUGCUU… 2475 nt 0.4602
NM_001324011.1 NCBI
CUUUUGUUUGGGUUUUCCAGAAGCUUUACUGUUAUAAAGCACCAUGCUU… 2933 nt 0.4610
NM_001324012.1 NCBI
CUUUUGUUUGGGUUUUCCAGAAGCUUUACUGUUAUAAAGCACCAUGCUU… 2568 nt 0.4603
NM_001324013.1 NCBI
GGUCUUAACUUGUUGAUGGCAGAUGGGUGGCUUGUUGCAGAGAAGAGCU… 3142 nt 0.4574
NM_001903.5 NCBI
CUCCUCCUAGCCGGACUGGAGGGAGACAAAGCAGCGCCCGUCUGCUUCG… 3754 nt 0.4750
Showing 31 to 37 of 37 entries
Summary

This gene encodes a member of the catenin family of proteins that play an important role in cell adhesion process by connecting cadherins located on the plasma membrane to the actin filaments inside the cell. The encoded mechanosensing protein contains three vinculin homology domains and undergoes conformational changes in response to cytoskeletal tension, resulting in the reconfiguration of cadherin-actin filament connections. Certain mutations in this gene cause butterfly-shaped pigment dystrophy. [provided by RefSeq, May 2016]

Forensic Context

A study in human umbilical vein endothelial cells and patient blood samples demonstrated that the CTNNA1 is significantly up-regulated in lipopolysaccharide-induced sepsis and its knockdown partially reverses the LPS-induced suppression of VE-cadherin, reduces endothelial permeability, and high expression correlates with poor overall survival in patients [Liao et al. DOI:10.3389/fgene.2022.1002344]. A study in humans demonstrated that the CTNNA1 was up-regulated by 36% in pericontusional brain tissue from a traumatic brain injury patient (T4) compared to control tissue, as identified through cDNA microarray analysis [Michael et al. DOI:10.1016/j.jocn.2004.11.003].