Basic Information

Symbol
CTNNA3
RNA class
mRNA
Alias
Catenin Alpha 3 VR22 Catenin (Cadherin-Associated Protein), Alpha 3 Alpha-T-Catenin Catenin Alpha-3 MGC26194 Cadherin-Associated Protein Alpha-Catenin-Like Protein Alpha T-Catenin ARVD13
Location (GRCh38)
10:65912457-67763637
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_013266.4
Sequence length
10696.0 nt
GC content
0.3708

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2644.97 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2857.47 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 3034.60
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001127384.3 NCBI
ACAGAUGCAUCAUAAGCCAAAUUGUGAGCCAUGAUAGUGGCACUGAAUU… 10620 nt 0.3694
NM_001291133.2 NCBI
ACAGAUGCAUCAUAAGCCAAAUUGUGAGCCAUGAUAGUGGCACUGAAUU… 2744 nt 0.4071
NM_013266.4 NCBI
CCCCUUUCUUUCUUAUCCUGGGUGAACAACGCUCAGCGAAAUUGACUGC… 10696 nt 0.3708
Summary

This gene encodes a protein that belongs to the vinculin/alpha-catenin family. The encoded protein plays a role in cell-cell adhesion in muscle cells. Mutations in this gene are associated with arrhythmogenic right ventricular dysplasia, familial 13. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Mar 2014]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CTNNA3 was significantly downregulated in oligodendrocyte precursor cells (OPCs) in a post-mortem interval (PMI)-dependent manner, as part of a broader downregulation of cell adhesion genes [Guo et al. DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147708]. A study in humans demonstrated that the CTNNA3 was up-regulated by 36% in pericontusional brain tissue from a traumatic brain injury patient (T4) compared to control tissue, as identified through cDNA microarray analysis [Michael et al. DOI:10.1016/j.jocn.2004.11.003].