Basic Information

Symbol
ADIPOQ
RNA class
mRNA
Alias
Adiponectin, C1Q And Collagen Domain Containing Adiponectin ACRP30 GBP28 ApM1 ACDC Adipose Most Abundant Gene Transcript 1 Protein 30 KDa Adipocyte Complement-Related Protein Adipocyte Complement-Related 30 KDa Protein Adipocyte, C1q And Collagen Domain-Containing Protein Adipocyte, C1Q And Collagen Domain Containing Adipose Most Abundant Gene Transcript 1 Adipose Specific Collagen-Like Factor Gelatin-Binding Protein 28 Gelatin-Binding Protein Adiponectin Precursor ADIPQTL1 APM-1 ApM-1 ADPN APM1
Location (GRCh38)
3:186842704-186858463
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004797.4
Sequence length
4542.0 nt
GC content
0.4392

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1350.48 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1435.52 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 892.32
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001177800.2 NCBI
AUUCUGACUGCAGUCUGUGGUUCUGAUUCCAUACCAGAGGAGACGGGAU… 4593 nt 0.4400
NM_004797.4 NCBI
AUUCUGACUGCAGUCUGUGGUUCUGAUUCCAUACCAGAGGGGCUCAGGA… 4542 nt 0.4392
Summary

This gene is expressed in adipose tissue exclusively. It encodes a protein with similarity to collagens X and VIII and complement factor C1q. The encoded protein circulates in the plasma and is involved with metabolic and hormonal processes. Mutations in this gene are associated with adiponectin deficiency. Multiple alternatively spliced variants, encoding the same protein, have been identified. [provided by RefSeq, Apr 2010]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the ADIPOQ is expressed in adipose tissue with an average read count of 11,854 and serves as a specific mRNA biomarker for adipose tissue identification within a targeted 46-plex massively parallel sequencing assay, which showed high specificity and successfully identified tissue sources in a single-blind study [Hanson and Ballantyne DOI:10.3390/genes8110319]. A review further notes the ADIPOQ as a documented mRNA marker for adipose identification in the field of forensic transcriptomics [Lei et al. DOI:10.1093/gpbjnl/qzag007].