Basic Information
Symbol
CTSB
RNA class
mRNA
Alias
Cathepsin B
APP Secretase
Cathepsin B1
EC 3.4.22.1
APPS
CPSB
Keratolytic Winter Erythema (Oudtshoorn Skin Disease)
Epididymis Secretory Sperm Binding Protein
Amyloid Precursor Protein Secretase
Cysteine Protease
EC 3.4.22
RECEUP
KWE
Location (GRCh38)
8:11842524-11869533
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation
Postmortem interval inference
MANE select
Transcript ID
NM_001908.5
Sequence length
3733.0 nt
GC content
0.5167
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1517.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1577.51 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
981.60
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| GGCUGCAGGGCUCCGGCAACCGCUCCGGCAACGCCAACCGCUCCGCUGC… | 3702 nt | 0.5157 | |
| GGCUGCAGGGCUCCGGCAACCGCUCCGGCAACGCCAACCGCUCCGCUGC… | 4480 nt | 0.5449 | |
| GGCUGCAGGGCUCCGGCAACCGCUCCGGCAACGCCAACCGCUCCGCUGC… | 3955 nt | 0.5186 | |
| GGCUGCAGGGCUCCGGCAACCGCUCCGGCAACGCCAACCGCUCCGCUGC… | 3940 nt | 0.5218 | |
| GGCUGCAGGGCUCCGGCAACCGCUCCGGCAACGCCAACCGCUCCGCUGC… | 3915 nt | 0.5206 | |
| GGCUGCAGGGCUCCGGCAACCGCUCCGGCAACGCCAACCGCUCCGCUGC… | 3904 nt | 0.5223 | |
| GGCUGCAGGGCUCCGGCAACCGCUCCGGCAACGCCAACCGCUCCGCUGC… | 3841 nt | 0.5197 | |
| GGCUGCAGGGCUCCGGCAACCGCUCCGGCAACGCCAACCGCUCCGCUGC… | 3816 nt | 0.5197 | |
| GGCUGCAGGGCUCCGGCAACCGCUCCGGCAACGCCAACCGCUCCGCUGC… | 3733 nt | 0.5167 | |
| GGCUGCAGGGCUCCGGCAACCGCUCCGGCAACGCCAACCGCUCCGCUGC… | 3895 nt | 0.5204 |
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Summary
This gene encodes a member of the C1 family of peptidases. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. At least one of these variants encodes a preproprotein that is proteolytically processed to generate multiple protein products. These products include the cathepsin B light and heavy chains, which can dimerize to form the double chain form of the enzyme. This enzyme is a lysosomal cysteine protease with both endopeptidase and exopeptidase activity that may play a role in protein turnover. It is also known as amyloid precursor protein secretase and is involved in the proteolytic processing of amyloid precursor protein (APP). Incomplete proteolytic processing of APP has been suggested to be a causative factor in Alzheimer's disease, the most common cause of dementia. Overexpression of the encoded protein has been associated with esophageal adenocarcinoma and other tumors. Both Cathepsin B and Cathepsin L are involved in the cleavage of the spike protein from the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) upon its entry to the human host cell. Multiple pseudogenes of this gene have been identified. [provided by RefSeq, Sep 2020]
Forensic Context
A study in *Phormia regina* blowfly maggots identified the CTSB as an RNA marker associated with the behavioral transition from feeding to wandering stages across all age cohorts [Lin et al. DOI:10.1371/journal.pgen.1011948].