Basic Information

Symbol
CTSB
RNA class
mRNA
Alias
Cathepsin B APP Secretase Cathepsin B1 EC 3.4.22.1 APPS CPSB Keratolytic Winter Erythema (Oudtshoorn Skin Disease) Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Amyloid Precursor Protein Secretase Cysteine Protease EC 3.4.22 RECEUP KWE
Location (GRCh38)
8:11842524-11869533
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001908.5
Sequence length
3733.0 nt
GC content
0.5167

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1517.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1577.51 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 981.60
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_147781.4 NCBI
GGCUGCAGGGCUCCGGCAACCGCUCCGGCAACGCCAACCGCUCCGCUGC… 3852 nt 0.5192
NM_147782.4 NCBI
GGCUGCAGGGCUCCGGCAACCGCUCCGGCAACGCCAACCGCUCCGCUGC… 3821 nt 0.5195
NM_147783.4 NCBI
GGCUGCAGGGCUCCGGCAACCGCUCCGGCAACGCCAACCGCUCCGCUGC… 3807 nt 0.5177
Showing 11 to 13 of 13 entries
Summary

This gene encodes a member of the C1 family of peptidases. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. At least one of these variants encodes a preproprotein that is proteolytically processed to generate multiple protein products. These products include the cathepsin B light and heavy chains, which can dimerize to form the double chain form of the enzyme. This enzyme is a lysosomal cysteine protease with both endopeptidase and exopeptidase activity that may play a role in protein turnover. It is also known as amyloid precursor protein secretase and is involved in the proteolytic processing of amyloid precursor protein (APP). Incomplete proteolytic processing of APP has been suggested to be a causative factor in Alzheimer's disease, the most common cause of dementia. Overexpression of the encoded protein has been associated with esophageal adenocarcinoma and other tumors. Both Cathepsin B and Cathepsin L are involved in the cleavage of the spike protein from the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) upon its entry to the human host cell. Multiple pseudogenes of this gene have been identified. [provided by RefSeq, Sep 2020]

Forensic Context

A study in *Phormia regina* blowfly maggots identified the CTSB as an RNA marker associated with the behavioral transition from feeding to wandering stages across all age cohorts [Lin et al. DOI:10.1371/journal.pgen.1011948].