Basic Information

Symbol
CTSK
RNA class
mRNA
Alias
Cathepsin K CTSO2 PKND CTSO Cathepsin O2 EC 3.4.22.38 Cathepsin O Cathepsin X PYCD Cathepsin K (Pycnodysostosis) Cathepsin O1 EC 3.4.22 CTS02 CTSO1
Location (GRCh38)
1:150794880-150809577
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000396.4
Sequence length
1629.0 nt
GC content
0.4598

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-497.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -530.96 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 391.14
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000396.4 NCBI
ACACUUUGCUGCCGAAACGAAGCCAGACAACAGAUUUCCAUCAGCAGGA… 1629 nt 0.4598
Summary

The protein encoded by this gene is a lysosomal cysteine proteinase involved in bone remodeling and resorption. This protein, which is a member of the peptidase C1 protein family, is predominantly expressed in osteoclasts. However, the encoded protein is also expressed in a significant fraction of human breast cancers, where it could contribute to tumor invasiveness. Mutations in this gene are the cause of pycnodysostosis, an autosomal recessive disease characterized by osteosclerosis and short stature. [provided by RefSeq, Apr 2013]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the CTSK gene was upregulated during long-term weight loss (0 to 12 months) in weight losers within subcutaneous adipose tissue [Bollepalli et al. DOI:10.1038/ijo.2017.245]. In a separate review of human and murine skin wound healing, the CTSK protein was identified as one of three key genes specific to hypertrophic scar fibroblasts, indicating its potential as a biomarker for hypertrophic scars [Cheng et al. DOI:10.1093/burnst/tkae043].