Basic Information

Symbol
CTSS
RNA class
mRNA
Alias
Cathepsin S EC 3.4.22.27 EC 3.4.22
Location (GRCh38)
1:150730079-150765957
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004079.5
Sequence length
3936.0 nt
GC content
0.3963

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1261.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1333.40 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 844.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((......((((...((((((((..........((........))((((((((((((((((..((.........))..)))).))).....)))))....(((((..((.(((....))).))..)))))..(((((......))))).)))).))).)))))..))))........))).)))))..((((((((((...(((((((((((..(((.((((....))))...........((.((((((....)))))).))(((((.((((..((((....((((((.(((...((((((.(..(((.(((.........))))))......).))))))))))))))))))))))).)))))((((((((((...((((((.(((.................((((((.......)))))).((((((((((((........(((((.((((....)))).))))).(((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((.((((.(((((.((((((((....(((....)))...)))).)))).)).))).)))).((((((.((.(....(((((((((((..((.(((......((((((....))))))((((((((.(((.((((...(((((((.........((((((((..(((.((((.(((..((((............))))..))).))))..(((((.........))))).(((((...(((((........))))).......))))))))..))))))))...(((.((((.((((......)))))))).)))..)))))))((((((((((((((.(((((((((...(((((..(((((.((......))))))).)))))((((........((((((((..(((...)))..))))))))........))))........((((((.((.....)))))))).((((......))))))))))))).......))))))).........((((((.....((((((..(...(((((...((((............((((((....))))))............)))).....))))).)..))))...))......)))))))).))))).....))))...))))))))))).(((..(((((((.(((.......))).)))))))..)))((((.((((.(((((((((((((((((((((..((((((((((((((...((..((...((((.(((((((.((((((((..(((.((((((((((((..(((((((((((..(((.(((((((((((((((((.(((((.(.((..(((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((.(..(((((.((((...((((((((((((((....(((((((((((((((((((.((((((((((.((((((((((((((((((((((((..(((((..(((((.(((((((...(((((((((..(((..(((....))).....(((((((.....)))))))(((((...(((((((((((.........(((.(((..(((((((((..((....))..)))))))))))).)))......(((((...))))).....(((((((..(((.....((((((.....................))))))......((((((((((((.....(((....(((((..(((....)))..))))).(((((.(.(((((((((....))))))))).).))))))))...))))...))))))))....)))..)))))))....((((...)))).))).))))))))..)))))((.(((((.(((....(((((.....)))))(((.(((.....((((((....)))))))))))).((((((((((((((((((((......)))))))))....(((((.....(((((((((...)))))..................)))))))))(((((((((.((((...((((((((((((...)))).((((...))))...))))))))((.((((.((((((((.((.(((((((.((........))..))))))).))))))))((((...........)))).(((((........))))).................(((((((.(((((((.....(((...........))).((((((..(((((((..(((........))).)))).)))..))))))))))))).)))))))..((((....)))))).))))))....(((((..........))))).................)))).))))))))).......(((((.....))))))))))))).)))..(((((.(((((((.....)).)))))))))).........................(((((((((...))))))))).((((.((((.((((..................)))).)))).)))).............))).))))).))......)))...))))))))).)))))))(((((((((..((((((((......((((.....))))(((((((.....))).))))....)))).))))....))))))))).))))).)))))..))))))....)))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))....)))))))))))..))).)))).)))))..).))))))).)).)))).)))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))..)).).)))))))))))))))))))))).)))..)))))))))))..)))))))))))).)))..)))))))).)))))))))))...))..))...))))))).)))))))..))))))))))))))))))))).)))).))))..(((((((((((.((((((...(((((.....((((.((((((........))))))....(((((((((((((((.(((.(((((((.....))))))).))).))))............))))))))))).(((((((.((((((((.....(((((...((((....((((...((((....))))...))))....))))...)))))))))))))..)))))))(((((.((((...((((((........((((...(((((((((.........))).))).))).)))).......))))))(((((((.....(((((....)))))..)))))))......)))).)))))...............))))...))))).)))))).)))))))))))...)))))..)))))))).))).....).)).))))))(((....)))........))))))...((((.((((...)))).)))))))))))))....(((((....((((..((((.(((((.......)))))))))))))..))))).))))))))).)))))))))))(((((((.((....))))))))).(((..(((.((....)))))))).(((((.(((((((((((((...)))).))....))))))))))))))))).((((...((((.((..(((((..(((........))))))))..)).))))...))))..............)))))))..........))).))))))...)))))))))).................................)))..)))))))))))(((.((((((......)))))).)))......((((((....((((.....))))...)))))))))))).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((((((..,...((((...(((((((({,,.......{{....,,|.,,|||{(((((((,((((,{({..,,.....))..}))),))),.}}.|||}},,||{{(((,.({.{{{,,.,))).)}..))}},..(((((......))))).,},..))).)))))..))))........))))}}))}..((((((((((...(((((((((((..(((.((((..,.||||...,..{{{..{(.((((((....)))))).))|||(({(((...,,||}}}}{(((({.{{{.,{(({(((,..{{,,,{||..,.|||..)))),,.....}}.))))))}||}}}}}}}}}}}|||{|,,,.((((((((((...(((((({((((.(((,{((({{{((.,,,..{({{{{{((,...(((((((((..(((((((({{{((((((((((,....|{|,....{{,{(.(((..((.((((((.(.(((((((((......))))))))).).)))))).)).))).))}}..,,.(((((((((.((((..,((((.{{(((..,|}}}.),,)))....,}})}......{{....},.{((((((....)))))))...)))).))))))))).}|,{,|||,},.}},},((((((((..(((.((((.(((..((((.,..........))))..))).))))..{{{{{......,,,}},},,(((((...(((((........))))).......))))))))..)))))))),..(((.((((.((((......)))))))).)))..},||||....)})),.))))))))))))))).)))))))))}})))}}}|(((((((.,(((.(((....))).}}),)..)))))))}...,,}.))))))))))))))))..,...(((((((...((.(((({((({.....{(((((((((({...(((((.,((((.(((.......{{.((((((...((((.(,....}.))))....)))))}.}}.))).)))).,))))}.....{(((((....)))))).,{{,,,,,....,,,.,,,,||,,,{{{||||.{{{{{...{{{{{|,,{{{(({{{.|,|,,|{{{,{(((((((,.,,,,{{{{,{(((({,.,{|||}..}}}}|,||||,}}|,...((((.((((.(((((((((((((((((((((..((((((((((((((...((..((...(((,{(((((((.((((((((..(((.((((((((((((..(((((((((((..(((.(((((((((((((((((((((((.(.((..(((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((.{..(((((.((((...((((((((((((((....(((((((((((((((((((.{(((((((({{((((((((((((((((((((((((.,((({,....{(((((.(((((.,{,...,,,,,.,{{,,(((,...|}|...,,|{(((({.....)))))}}{{{{|,,.{{{{{{{,((({((({,....,,.,,,..(((((((((..((....))..))))))))),,|,|||.,{{..(((((,..,,|||.....(((((((..(((...,,((((((.....................))))},,,,,.,((((((((((((.....(((....{((((..(((....)))..))))}.(((((.(.(((((((({....))))))))).).))))))))...))))...)))))))),...)))..)))))))....|||,.}})))).,))}})))))})}})))))}..))))).))))}.,(((((.....)))))(((.(((,....{(((({....}))))))))))).((((((((((((((((((((......)))))))))...,(((((.....(((((((((...))))).,,...............}})})))))(((((((((.(((({{{(,((((({((((...)))).,{{,{{{||||{{.|,,|},},.,.(((({{{,{((((.((.(((((((.((........))..))))))).))))))))))))..,.........}))))))}|,......{|{|,,........,,},,,,..{{(((((.{((((((.....(((...........))}.{(((((..{({{{{,{{({{........,}),)),),)))..)))))}})))))).)))))}}...........,))))})))),|{{.,(((((..........))))}.................)))).))))))))).......(((((.....)))))))))))))},))..{((((.(((((..,|....)})))))))))),.{{{,{{{...,,,,.....,,,,(((((((((...)))))))))..,,,,(((((({{({{.....}},}}}}}},.,},,.,....,,}}...,,,,....}}}})}}}}|,.{((.(((({....,)))).)))..,||||||(((((((((..,{{{.,..,,,,,,((((.....)))){{{{{{{.....))),)))}..,,}))).}))}....))))))))}.}},}.}}}})}..)))),))))})))))))))))))))))))))))))))}.)))))))))))))))))))....)))))))))))..))).)))).)))))..).))))))).)).)))).)))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))..)).).)))))))))))))))))))))).)))..)))))))))))..)))))))))))).)))..)))))))).)))))))))))...))..))...)))))))}}})))))..))))))))))))))))))))).)))).))))..,,,,,,|||||.,|||||,,,{||{||||,,,,,,.{{{((((({...,))))))},...{((((((((((((((.(((.(((((((.....))))))).))).)))}.},.........}))))))))))..||||,,.,{{{{{{,|||{{,|,.,,,}}}}}.,,}}||||...}}||}}},,,.,,,})))}},.})),},))})))))))},,|{{{{|(((((((((.((((.,.((((((........((((...(((((((((.........))).))),,)).)))).......))))))(((((((.....(((((....)))))..)))))))...,,.)))).)))))),,))..}}}}},..))))}{{((({.(((|.|((((,,,|,,,,..,{{{((((((...)))))),||||.(((..((((({...,}}.))),.)))......((((...{(((.{({{...}))).)))}))))..{((.((((.((((((.((((..((((((((((.......))))))))))))).))).))).)))).}}.}}}....,,,},(((((((.{{....}})))))))))))})))).)))))}..{{{{,..(((((.(((((((((((((...)))).)}...,))))))))))))........,.,,,|(((.((..(((((..{((........))})))))..)).)))))))))),.})}))...)))).)).....)))).)))..,,,.))))))...))))))))))}}}}},,,,,,...............,......))}..)))))))))))(((,{(((((......))))))})),......((((((....{(((.....})}}...)))))))))))).)))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001199739.2 NCBI
CUCCUUGUUGCUUUGAAAUCUUAGAAGAGAGCCCACUAAUUCAAGGACU… 3786 nt 0.3951
NM_004079.5 NCBI
CUCCUUGUUGCUUUGAAAUCUUAGAAGAGAGCCCACUAAUUCAAGGACU… 3936 nt 0.3963
Summary

The preproprotein encoded by this gene, a member of the peptidase C1 family, is a lysosomal cysteine proteinase that participates in the degradation of antigenic proteins to peptides for presentation on MHC class II molecules. The mature protein cleaves the invariant chain of MHC class II molecules in endolysosomal compartments and enables the formation of antigen-MHC class II complexes and the proper display of extracellular antigenic peptides by MHC-II. The mature protein also functions as an elastase over a broad pH range. When secreted from cells, this protein can remodel components of the extracellular matrix such as elastin, collagen, and fibronectin. This gene is implicated in the pathology of many inflammatory and autoimmune diseases and, given its elastase activity, plays a significant role in some pulmonary diseases. Alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2020]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that short-term overfeeding induced differential expression of 45 genes in abdominal subcutaneous adipose tissue, with six genes (TF, SCD, TALDO1, CTSC, IRS2, and PDK4) showing a significant interaction between adiposity status and treatment, where expression changes occurred in lean but not obese subjects [Shea et al. DOI:10.3945/ajcn.2008.25970].