Basic Information

Symbol
CTTN
RNA class
mRNA
Alias
Cortactin EMS1 Ems1 Sequence (Mammary Tumor And Squamous Cell Carcinoma-Associated (P80/85 Src Substrate) Src Substrate Cortactin Oncogene EMS1 Amplaxin Epididymis Secretory Sperm Binding Protein
Location (GRCh38)
11:70398404-70436584
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Sudden death from respiratory system disease
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005231.4
Sequence length
3249.0 nt
GC content
0.5405

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1185.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1242.19 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 727.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001184740.2 NCBI
GGAACCGGAAGUAGAGCCUGGUGCCUGGGAGCGGCUGGCGCGGCGGAAU… 2255 nt 0.5521
NM_005231.4 NCBI
GGAACCGGAAGUAGAGCCUGGUGCCUGGGAGCGGCUGGCGCGGCGGAAU… 3249 nt 0.5405
NM_138565.3 NCBI
GGAACCGGAAGUAGAGCCUGGUGCCUGGGAGCGGCUGGCGCGGCGGAAU… 3138 nt 0.5411
Summary

This gene is overexpressed in breast cancer and squamous cell carcinomas of the head and neck. The encoded protein is localized in the cytoplasm and in areas of the cell-substratum contacts. This gene has two roles: (1) regulating the interactions between components of adherens-type junctions and (2) organizing the cytoskeleton and cell adhesion structures of epithelia and carcinoma cells. During apoptosis, the encoded protein is degraded in a caspase-dependent manner. The aberrant regulation of this gene contributes to tumor cell invasion and metastasis. Three splice variants that encode different isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, May 2010]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that hemorrhagic shock-induced acute lung injury is characterized by widespread transcriptomic changes, including the significant downregulation of the CTTN mRNA, which is associated with endothelial barrier integrity and whose loss can lead to excessive leukocyte leakage [Wang et al. DOI:10.1097/TA.0000000000003119].