Basic Information

Symbol
CTXND1
RNA class
mRNA
Alias
Cortexin Domain Containing 1 Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 1314 Cortexin Domain-Containing 1 Protein LINC01314
Location (GRCh38)
15:80195481-80252234
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001352888.2
Sequence length
6893.0 nt
GC content
0.4856

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2242.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2363.60 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1599.50
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001352888.2 NCBI
AGAGCCCCCUCUCGGCUGCUGGCCCGGGCUCGCCCGCGCCGCUGGGGGC… 6893 nt 0.4856
Summary

Predicted to be located in membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in human postmortem midbrain specimens from chronic cocaine abusers identified the CTXND1 as a down-regulated long noncoding RNA (-1.49-fold) adjacent to LINC00927 and FAH on the opposite strand [Bannon et al. DOI:10.1111/jnc.13255].