Basic Information

Symbol
CUX1
RNA class
mRNA
Alias
Cut Like Homeobox 1 CDP CDP/Cut Cux/CDP GOLIM6 CUTL1 CDP1 Clox CASP CUX CUX1 Gene Alternatively Spliced Product Golgi Integral Membrane Protein 6 Homeobox Protein Cut-Like 1 CCAAT Displacement Protein Homeobox Protein Cux-1 Protein CASP CDP/Cux P200 CDP/Cux CUT Cut (Drosophila)-Like 1 (CCAAT Displacement Protein) Cut-Like 1, CCAAT Displacement Protein (Drosophila) Putative Protein Product Of Nbla10317 Cut-Like Homeobox 1 Cut Homolog Mutant CUX1 Nbla10317 NEDDMS COY1 GDDI P100 P110 P200 P75
Location (GRCh38)
7:101815904-102283958
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis Mechanical injury analysis Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_181552.4
Sequence length
13723.0 nt
GC content
0.5115

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-4645.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4900.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 3700.76
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001202543.2 NCBI
CACUCCGUCUCAAUAUGUCUCAAGAUGGCGGCCAAUGUGGGAUCGAUGU… 13766 nt 0.5110
NM_001202544.3 NCBI
CACUCCGUCUCAAUAUGUCUCAAGAUGGCGGCCAAUGUGGGAUCGAUGU… 2881 nt 0.5627
NM_001202545.3 NCBI
CACUCCGUCUCAAUAUGUCUCAAGAUGGCGGCCAAUGUGGGAUCGAUGU… 2791 nt 0.5683
NM_001202546.3 NCBI
CACUCCGUCUCAAUAUGUCUCAAGAUGGCGGCCAAUGUGGGAUCGAUGU… 2812 nt 0.5633
NM_001913.5 NCBI
CACUCCGUCUCAAUAUGUCUCAAGAUGGCGGCCAAUGUGGGAUCGAUGU… 2929 nt 0.5626
NM_181500.4 NCBI
CACUCCGUCUCAAUAUGUCUCAAGAUGGCGGCCAAUGUGGGAUCGAUGU… 2923 nt 0.5624
NM_181552.4 NCBI
ACUCUGCCAGGUGGAUGUUGUGCGUAGCCGGAGCCAGGUUGAAGAGAGA… 13723 nt 0.5115
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the homeodomain family of DNA binding proteins. It may regulate gene expression, morphogenesis, and differentiation and it may also play a role in the cell cycle progession. Several alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified.[provided by RefSeq, Feb 2011]

Forensic Context

A study in mice and humans demonstrated that the CUX1 is a predictive biomarker for heart failure following acute myocardial infarction, as it was consistently upregulated in peripheral blood mononuclear cells of post-AMI HF patients and in recruited monocytes/macrophages from AMI mice [Chen et al. DOI:10.1186/s12920-021-00890-6]. A meta-analysis in humans identified TNFRSF1B as a key hub protein in a neurodegeneration-associated interaction network linked to post-mild traumatic brain injury signaling, where its deficiency leads to poorer TBI outcome [Matyasova et al. DOI:10.4149/gpb_2021038]. A separate single-cell transcriptomic study in a rat model of radiation-induced lung injury identified the orthologous rat Tnfrsf1b gene as being associated with inflammatory processes [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357].